[조세분쟁 취득세] 구 지방세특례제한법 제31조 제1항의 임대사업자 등록요건이 문제된 사건

대법원 2025. 12. 4. 선고 2021두55364   취득세등부과처분취소

 

1. 판결의 요지

 

원고(프로젝트금융 투자회사)가 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목(투자회사 규정)에 따라 이 사건 토지를 임대목적물로 하여 구 민간임대주택법 제5조 제1항, 같은 법 시행규칙 제2조 제1항에 따른 임대사업자 등록을 신청하였는데, 피고는 원고의 등록신청을 수리하면서도 원고의 등록신청이 구 민간임대주택법 제4조 제1항 제2호 가목(사업계획승인)을 근거로 이루어진 것으로 보아 임대목적물이 등록되지 않은 이 사건 임대사업자 등록증을 교부하였습니다. 그 후 피고는 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 60일 이내에 임대목적물을 등록하지 아니하여 이 사건 감면규정의 감면요건에 해당하지 않는다는 이유로 원고에게 이 사건 토지에 관한 취득세 등을 부과하였고, 원고가 해당 처분의 취소를 청구한 사안입니다.

 

원심은, 이 사건 감면규정상 임대목적물 등록요건을 갖추었는지 여부를 판단함에 있어 임대사업자등록증에 임대목적물이 특정되어 기재되었는지 여부는 필수적 요소는 아니라고 전제한 뒤, 원고가 등록신청 당시 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목에 해당하는 투자회사로서 이 사건 토지에 관하여 임대사업자등록을 신청하였고 피고가 이러한 신청을 수리한 이상, 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목에 따라 이 사건 토지를 임대목적물로 하는 임대사업자등록의 효력이 발생하게 되어 이 사건 감면규정상 요건이 충족되었다고 판단하였습니다.

 

대법원은 아래와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각하였습니다.

 

2. 적용법리

 

구 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(2018. 12. 18. 법률 제16000호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’)에 따른 임대사업자등록 신청의 성격(= 수리를 요하는 신고) / 임대사업자등록 신청이 수리되지 아니한 채 구 민간임대주택법 관련 규정의 요건을 충족한 것만으로 임대사업자등록의 효력이 발생하는지 여부(소극) 및 이에 대한 행정청의 수리처분까지 이뤄지면 신청한 대로 임대사업자등록의 효력이 생기는지 여부(적극) / 임대목적물에 관하여 임대사업자등록 신청이 이미 수리된 후에 임대사업자 등록대장이나 임대사업자 등록증에 해당 신청서에 기재된 임대목적물에 관한 사항과 다른 기재가 이루어졌다는 사정만으로 해당 임대목적물에 관하여 이미 발생한 임대사업자등록의 효력이 달라지는지 여부(소극) / 프로젝트금융 투자회사가 임대사업자등록을 신청하였는데, 피고가 임대목적물이 기재된 임대사업자 등록신청을 수리하였으나 임대목적물이 특정되어 기재되지 않은 임대사업자등록증을 교부한 경우에도, 투자회사가 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제31조 제1항(이하 ‘이 사건 감면규정’)의 취득세 감면요건인 임대사업자 등록요건을 갖추었다고 판단한 사례

 

이 사건 감면규정은, 구 민간임대주택법에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택에 대하여는 2018. 12. 31.까지 그 전용면적 등에 따라 지방세를 감면하되, 이때 위 임대사업자는 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다고 규정하고 있다.

 

구 민간임대주택법 제2조 제7호는, ‘임대사업자’를 ｢공공주택 특별법｣ 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 같은 법 제5조에 따라 등록한 자로 정의하는 한편, 위 제5조는 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(이하 ‘시장ㆍ군수ㆍ구청장’이라고 한다)에게 등록을 신청할 수 있다고 규정하면서(제1항), 이에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있다(제4항). 이러한 위임에 따라 구 ｢민간임대주택에 관한 특별법 시행령｣(2018. 12. 31. 대통령령 제29460호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법 시행령’이라고 한다) 제4조 제1항은 구 민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자에 관하여, 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자(제1호), 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(제2호), 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 제2호 외의 자로서 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(제3호)를 그 대상으로 정하고 있다. 이에 따라 위 각 호에 해당하는 경우에는 구 민간임대주택법 제5조에 따라 임대사업자등록이 가능하게 되는데, 구체적으로 어떠한 경우에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자등록을 할 수 있는지에 관하여는 그 기준 등이 구 민간임대주택법령에 명확하게 마련되어 있지 않다. 단지 구 민간임대주택법 시행령 제4조는, 구 민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 임대사업자의 주소지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다고 규정하고(제3항), 이러한 신청서를 받은 임대사업자의 주소지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 등록기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는 등록대장에 올리고 신청인에게 등록증을 발급하여야 한다고 규정하고 있을 뿐이다(제5항). 또한 구 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙(2018. 12. 31. 국토교통부령 제573호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은, 구 민간임대주택법 제5조 제1항 및 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제3항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 [별지 제1호 서식]의 임대사업자 등록신청서에 소정의 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다고 정하고 있고, 그 [별지 제1호 서식]인 임대사업자 등록신청서에는 임대목적물에 관한 사항을 적을 수 있는 ‘민간임대주택의 소재지’란이 마련되어 있고, 임대주택신청서의 접수 후의 처리절차에 관하여 등록기준 적합 여부 확인(서류 검토), 임대사업자 등록대장 등재, 임대사업자 등록증 작성 및 등록증 발급, 등록내용 통보의 순서로 처리된다고 기재되어 있을 따름이다.

 

이와 같은 임대사업자등록 신청의 처리절차 및 관계 규정들의 내용을 종합하면, 구 민간임대주택법령에 따른 임대사업자등록 신청은 이른바 ‘수리를 요하는 신고’라고 보아야 한다. 그러므로 임대사업자등록 신청이 아직 수리되지 아니한 채 구 민간임대주택법 관련 규정의 요건을 충족한 것만으로 임대사업자등록의 효력이 발생한다고 볼 수 없고, 이에 대한 행정청의 수리처분까지 있어야 비로소 신청한 대로 임대사업자등록의 효력이 생기게 된다. 다만 이때의 수리는 신청을 유효한 것으로 판단하고 법령에 의하여 처리할 의사로 이를 수령하는 수동적 행위를 의미할 뿐, 임대사업자 등록대장의 등재나 임대사업자 등록증의 작성 및 등록증 발급까지 요하는 것은 아니다. 그러므로 어느 임대목적물에 관하여 임대사업자등록 신청이 이미 수리된 후에 임대사업자 등록대장이나 임대사업자 등록증에 해당 신청서에 기재된 임대목적물에 관한 사항과 다른 기재가 이루어졌다 하더라도, 그러한 사정만으로 해당 임대목적물에 관하여 이미 발생한 임대사업자등록의 효력이 달라진다고 볼 수는 없다.

 

정회목 변호사