[행정소송 조세분쟁] 법인세 등 부과처분과 소득금액변동통지의 취소를 구하는 사건

대법원 2024. 12. 12. 선고 2024두49469   법인세등부과처분취소

 

1. 판결의 요지

 

피고는 생명공학 관련 사업을 하는 그룹 계열사(원고 포함) 등에 관한 세무조사를 거쳐, 2015. 6. 10. 원고에게 수입금액 누락(① 처분사유), 가공세금계산서 발급(③ 처분사유) 등을 이유로 법인세 및 부가가치세를 경정･고지하고, 사외유출금에 대하여 소외인에 대한 상여로 소득처분을 하면서 소득금액변동통지를 하였습니다. 피고는 조세심판원의 재조사결정에 따라 ① 처분사유에 관하여 재조사를 실시한 후 일부 세액을 감액하였고, 감액되고 남은 이 사건 처분 및 소득금액변동 통지는 2010~2014 법인세 합계 0.4억 원, 소득금액변동통지액 합계 80.2억 원(소득자 소외인), 2010년 1기~2014년 2기 부가가치세 합계 21억 원이었습니다. 원고는 ① 처분사유와 관련하여 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준을 산정하고 추계조사방법의 객관성과 합리성도 결여하였고, ③ 처분사유와 관련하여 형사사건에서 무죄 확정판결을 받았으므로 원고와 이 사건 회사들 간 거래가 가공거래에 해당한다고 본 것은 위법하다고 주장하면서, 피고를 상대로 이 사건 처분의 취소를 청구하였습니다.

 

원심은 ➀ 처분사유와 관련하여, 피고가 실지조사와 추계조사를 혼합하여 원고의 수입금액 누락액을 산정하면서 같은 항목을 중복하여 과다 산정하였고, 추계조사방법 자체도 합리적이고 타당성이 있다고 보기 어려우며, ➂ 처분사유와 관련하여 피고가 제출한 증거만으로는 원고가 허위의 세금계산서를 발급하였음이 증명되지 않았다고 판단하면서도, 정당한 세액을 산출하지 아니한 채 이 사건 처분과 이 사건 소득금액변동통지 전부를 취소하였습니다.

 

대법원은 아래와 같은 법리를 설시하면서, ① 피고는 제1심에서 이 사건 쟁점인 수입금액 누락(① 처분사유), 가공세금계산서 발급(③ 처분사유) 관련 원고 주장을 모두 받아들일 경우에 대비하여 정당세액 계산 내역을 기재한 참고서면(이하 ‘이 사건 참고서면’)을 제출하였고, 이 사건 참고서면에는 정당세액 산정의 근거자료로서 해당 과세기간의 수입금액과 부가가치세의 과세표준을 각 산정한 내역 및 산출된 정당세액이 기재된 재경정결의서, 해당 귀속연도의 소득자별 소득금액 변동내용이 기재된 소득금액변동통지서 등이 첨부되어 있는 점, ② 이 사건 참고서면은 2021. 6. 8. 원고에게 송달되었고, 같은 날 제1심은 이 사건 처분 중 이와 같이 산정한 정당세액을 초과하는 부분을 취소하는 내용의 조정권고를 하였는데, 원고는 이러한 조정권고에 동의하였으나 피고는 부동의하여 조정이 이루어지지 않은 점, ③ 이후 피고는 제1심에서 ③ 처분사유 관련 원고 주장을 받아들일 경우에 대비하여 정당세액 계산 내역을 기재한 참고서면을 제출하였고, 제1심은 이와 같이 산정된 정당세액에 기초하여 피고의 2012년 2기분부터 2014년 2기분까지 부가가치세 부과처분 중 정당세액을 초과하는 부분을 취소하는 판결을 선고한 점에 비추어 살펴보면, 원심은 피고가 사실심 변론종결시까지 제출한 자료에 의하여 정당한 세액을 심리․산정할 수 있었다고 보아, 이와 달리 정당한 세액을 산출하지 아니한 채 이 사건 처분과 이 사건 소득금액변동통지 전부를 취소한 원심을 파기·환송하였습니다.

 

2. 적용법리

 

사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우 과세처분 취소 범위(= 정당한 세액을 초과하는 부분)

 

과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고 그 전부를 취소할 것은 아니다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결 등 참조).

 

정회목 변호사