2026년 4월 25일 토요일

[조세분쟁 물류시설용부동산] 국가 소유 부지를 임차하여 그 지상에 물류센터를 신축한 원고가, 그 건축물이 취득세 감면 대상인 ‘물류시설용 부동산’에 해당함을 전제로 취득세를 신고ㆍ납부하였으나, 피고는 해당 건축물이 취득세 감면규정인 구 지방세특례제한법 제71조 제2항 및 같은 법 시행령 제33조 제2항이 정한 요건을 갖추지 못하였다고 보아, 취득세 본세뿐 아니라 과소신고가산세 등을 추가로 부과한 사건


대법원 2026. 4. 9. 선고 202535293   취득세등부과처분취소

 

1. 판결의 요지

 

원고는 국가 소유 부지를 임차하여 지상에 물류센터를 신축한 (이하 사건 건축물이라 ), 물류단지 취득하는 물류사업용 부동산에 관한 감면규정인 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 19232호로 개정되기 전의 ) 71 2, 지방세특례제한법 시행령(2025. 12. 31. 법률 36044호로 개정되기 전의 ) 33 2항을 적용하여 사건 건축물에 대한 취득세의 100분의 50 감면받는 내용으로 취득세를 신고ㆍ납부하였는데, 피고는 사건 건축물이 감면규정이 정한 요건을 갖추지 못하였다고 보아, 취득세 본세 과소신고가산세, 납부지연가산세 등을 부과함. 이와 관련하여, 취득세의 납부의무자가 과세표준에 세율을 곱한 산출세액을 정당하게 신고하였다면, 감면세액에 관한 판단을 그르쳐 최종적으로 납부하여야 세액을 잘못 신고하였더라도 취득세의 과소신고가산세를 부과할 없는지가 쟁점이 사안입니다.

 

원심은, 원고가 애초에 사건 건축물의 부지를 물류단지 사업시행자로부터임차하였을 취득 것이 아니어서, 사건 건축물은 취득세 감면대상인물류시설용 부동산으로 없다고 판단한 다음, 산출세액 자체를 과세관청에 정당하게 신고한 이상 설령 감면세액에 관한 판단을 그르쳐 최종적으로 납부할 세액을 잘못 신고하였더라도 취득세의 과소신고가산세를 부과할 수는 없다고 보아, 사건 처분 취득세의 과소신고가산세 부과처분 부분은 위법하다고 판단하였습니다.

 

대법원은 아래와 같은 법리를 설시하면서, 사건 건축물이 취득세 감면규정의 적용 대상이 아니라고 원심의 판단 부분은 수긍하였으나, 위와 같은 법리를 설시하면서, 원고는 적용될 없는 감면세액을 산출세액에서 잘못 차감함으로써 납부할 정당세액에 미달하게 취득세 신고를 하였고, 이로써 과소신고가산세를 부과할 사유가 충족되었다고 보아야 한다고 보아, 사건 처분 과소신고가산세 부과처분 부분에 관한 원심을 파기ㆍ환송하였습니다.

 

2. 적용법리

 

취득세의 납부의무자가 과세표준에 세율을 곱한 산출세액을 정당하게 신고하였으나, 감면세액에 관한 판단을 그르쳐 최종적으로 납부하여야 세액을 잘못 신고한 경우, 취득세의 과소신고가산세를 부과할 있는지 여부(적극)

 

. 2010. 3. 31. 법률 10221호로 전부 개정되기 전의 지방세법 120 1항은취득세 과세물건을 취득한 자는 취득한 날부터 30 이내에 과세표준에 112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.‘라고 규정하였고, 121 1 1호는 취득세 납세의무자가120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20 상당하는 신고불성실가산세 부과하도록 규정하였다.

 

  대법원은 규정들이 적용되는 사안에서 2010. 3. 31. 개정 전의 지방세법 121 1 본문은 취득세 신고불성실가산세의 산정기초가 되는산출세액111 112조의 규정에 의하여 산출한 세액으로 정하고 있을 당시의 지방세법상 261 이하에서 별도로 정하고 있는 감면세액을 별도로 고려하도록 정하고 있지 아니한 등을 고려하여, 취득세의 납세의무자가 과세표준에 세율을 곱한산출세액 정당하게 신고한 이상 감면세액에 관한 판단을 그르쳐 최종적으로 납부하여야 세액을 잘못 신고하였다고 하더라도 취득세의 신고불성실가산세를 부과할 없다고 판단하였다(대법원 2015. 5. 28. 선고 201412505 판결 참조).

 

. 그런데 지방세법이 2010. 3. 31. 법률 10221호로 전부 개정되면서 취득세의 신고 납부에 관한 조문은 종전의 120조에서 20조로 이동하였고, 부족세액의 추징 가산세에 관한 조문도 종전의 121조에서 21조로 이동하였다. 개정 이후의 21 1 1호는취득세 납세의무자가 20조에 따른 신고의무를 다하지 아니한 경우에는 과세표준에 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 부족세액에 지방세기본법 53조부터 55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.‘라고 규정함으로써 종전 121조와 달리 지방세기본법의 해당 조문을 인용하는 방식을 채택하였다. 이와 같이 부족세액의 징수 가산세와 관련하여 지방세기본법의 조문을 인용하는 방식은, 2010. 3. 31. 개정 이후로 지방세법이 여러 차례 개정되면서도 그대로 유지되어 현행 지방세법에까지 이르고 있다. 

 

. 한편 지방세법이 위와 같이 전부 개정된 시점과 같은 날인 2010. 3. 31. 법률 10219호로 제정된 지방세기본법 53조는, 지방자치단체의 장은 또는 지방세관계법에 따른 신고 의무를 이행하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액보다 적을 때에는 지방세법에서 정한 비율에 따른 가산세신고불성실가산세 부과할 있다고 규정하였다.

 

  지방세기본법이 2013. 1. 1. 법률 11616호로 개정되면서 53조의3 신설되어, 1항에서납세의무자가 법정신고기한까지 산출세액을 신고한 경우로서 신고하여야 산출세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고분(신고하여야 금액에 미달한 금액을 말한다) 세액의 100분의 10 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.‘라고 규정하면서 해당 가산세를 종전의신고불성실가산세에서과소신고가산세 별도로 명명하게 되었고, 2014. 1. 1. 법률 12152호로 지방세기본법이 다시 개정되면서 53조의3 1 과소신고분 관한 괄호 부분이신고하여야 산출세액에 미달한 금액을 말한다 개정되었다.

 

  그러다가 2015. 12. 29. 법률 13635호로 지방세기본법이 개정되면서 53조의3 1항은납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 경우로서 신고하여야 납부세액보다 적게 신고(이하과소신고 한다) 경우에는 과소신고분(신고하여야 납부세액에 미달한 금액을 말한다) 세액의 100분의 10 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.‘라고 규정하게 되었다. 이로써 개정 전까지 과소신고가산세의 산정기초가산출세액이었던 것과 달리, 개정 이후로는납부세액 과소신고가산세를 산정하기 위한 기초라는 점이 명시되었다. 이는 종전까지는 지방세를 납부할 의무가 없는 전액 감면대상자라 하더라도 지방세법에 따른 산출세액을 신고하지 아니하거나 과소신고한 경우에는 무신고가산세 또는 과소신고가산세가 부과되었으나, 개정 후에는 신고의무를 불이행하더라도 납부할 세액이 없다면 신고불성실 가산세가 부과되지 아니하도록 하기 위한 취지에 따른 것이었다.

 

. 지방세기본법이 2016. 12. 27. 법률 14474호로 전부 개정되면서 종전 53조의3 조문이 54조로 이동하였으나, 이와 같이납부세액 과소신고가산세의 산정기초로 삼도록 하는 54조의 기본 내용은 지방세기본법이 여러 차례 개정된 뒤에도 그대로 유지되었다.

 

. 위와 같은 개정 경과 변경된 법조문의 내용 체계 등을 종합하면, 2015. 12. 29. 지방세기본법 개정 이후부터는 종전의신고불성실가산세 대응되는과소신고가산세 산정기초가 과세표준에 세율을 곱한산출세액에서납부세액으로 달라졌고 이로써 취득세의 납세의무자가산출세액자체는 정당하게 신고하였을지라도 감면세액 등을 잘못 적용하여 신고하여야 정당한 납부세액보다 적게 신고하였다면, 취득세의 과소신고가산세를 부과할 요건을 충족한다고 보아야 한다.

 

정회목 변호사


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