[조세분쟁 이월공제] 적격합병 시 합병법인이 피합병법인의 고용창출투자세액공제 금액의 이월공제를 승계할 수 있는지와 이월공제 가능 범위가 문제된 사건

대법원 2025. 11. 6. 선고 2022두53921   법인세부과처분취소

 

1. 판결의 요지

 

원고는 2015년 설립되어 2016년 이 사건 피합병법인을 적격ㆍ흡수합병한 뒤, 2016ㆍ2017 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 피합병법인의 구 조특법 제26조 제1항 제2호에 따른 고용창출투자 추가공제금액을 합병으로 승계받은 이월공제대상으로 보아 세액공제를 하였으나, 피고는 위 고용창출투자세액공제 이월공제의 승계가 허용되지 않는다고 보아 원고의 위 세액공제를 부인하고 법인세를 부과하였고, 원고가 해당 처분의 취소를 청구한 사안입니다.

 

원심은, 구 조특법 및 그 시행령에 규정된 추가공제 및 이월공제의 요건을 충족하는 한, 이 사건 합병을 계기로 이 사건 피합병법인이 합병 전까지 공제받지 못하고 이월된 고용창출투자세액공제 이월공제액을 원고가 승계할 수 있다고 보면서도, 그중 이월공제가 가능한 범위에 관하여, 이 사건 조항에 따라 합병법인인 원고의 직전 과세연도(2015년)와 해당 과세연도(2016년)의 상시근로자 수를 계산하는 과정에서 이 사건 피합병법인으로부터 원고가 승계한 상시근로자 수는 합병등기일 당시를 기준으로 이 사건 피합병법인으로부터 원고가 실제 승계한 상시근로자 수로 삼아야 한다고 판단하였습니다.

 

대법원은 아래와 같은 법리를 설시하면서, 이 사건 조항에서의 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’는 구 조특법 시행령 제11항 제1호의 계산식 가운데 나타난 바와 같이, 위 각 과세연도 동안 피합병법인의 매월 말 현재 상시근로자 수 자체를 의미하고, 나아가 이를 토대로 위 계산식을 적용하여 도출된 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 각 상시근로자 수를 가지고서 구 조특법 제144조 제3항이 정한 바에 따라 합병법인의 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수를 초과하는지 여부를 살펴야 한다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송하였습니다.

 

2. 적용법리

 

가. 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호 각 목의 규정은 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계함에 따라, 각 사업연도 소득금액 및 법인세액을 계산할 때 구체적인 감면 또는 공제의 적용 방법 및 공제의 한도 등을 정한 것인지 여부(적극) 및 위 각 목의 규정이 적격합병 시 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계하는 것 자체를 제한하기 위한 요건을 추가로 설정한 것인지 여부(소극)

 

(1) 구 법인세법 제44조의3 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 과세상 기업으로서의 계속성을 인정한다는 취지에서, 피합병법인의 합병등기일 현재의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 합병법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제59조 제1항 제3호는 ‘이월공제가 인정되는 세액공제’를 구 법인세법 및 다른 법률을 적용할 때의 세액공제 중 하나로 정하고 있다. 나아가 앞서 본 구 법인세법 제44조의3 제2항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 합병법인은 피합병법인이 합병 전에 적용받던 구 법인세법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 적용받을 수 있되, 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 구 법인세법 또는 다른 법률에 있는 때에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다고 정하고 있다.

 

(2) 한편 구 법인세법 제45조 제4항은 같은 법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다고 규정하고 있다. 이와 같은 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제81조 제3항은, 합병법인은 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다고 규정하면서, 그 제2호에서 구 법인세법 제59조 제1항 제3호에 따른 세액공제 중 이월된 외국납부세액공제 미공제액(가목), 구 조특법 제132조에 따른 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 금액으로서 구 조특법 제144조에 따라 이월된 미공제액(나목), 그 외에 납부할 세액이 없어 공제받지 못한 금액 중 구 조특법 제144조에 따라 이월된 미공제액(다목)을 각 들면서, 각 목별로 공제액의 계산방법 및 공제가 허용되는 범위 및 한계에 대해 정하고 있다.

 

(3) 위와 같은 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호 각 목에 관련된 수권규정의 성격과 내용, 수권의 범위와 조문 체계 등에 비추어 볼 때, 위 각 목의 규정은 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계함에 따라, 각 사업연도 소득금액 및 법인세액을 계산할 때 구체적인 감면 또는 공제의 적용 방법 및 공제의 한도 등을 정하고 있다고 보아야 한다. 이와 달리 위 각 목의 규정이 적격합병 시 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계하는 것 자체를 제한하기 위한 요건을 추가로 설정한 것으로 볼 수는 없다. 나아가 앞서 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항에서 본 것처럼 감면 또는 세액공제의 요건이 다른 법률에 별도로 마련될 수 있음이 명시되고 있으므로, 위 각 목 규정의 존재로 말미암아 법인세법령 외의 다른 법령에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 적용하는 구체적인 방법 및 공제 등 범위를 정하는 것이 금지되거나 원천적으로 차단되는 것도 아니다. 이러한 연유로 적격합병 시 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받는 고용창출투자세액공제 금액의 이월공제와 관련하여, 구 조특법 제26조 및 제144조, 구 조특법 시행령 제23조 및 제136조의2 등에서 그 구체적인 적용 방법 등에 대해 별도로 규정하고 있기도 하다.

 

나. 구 조세특례제한법(이하 ‘구 조특법) 시행령 제23조 제13항 제3호 가목(이하 ‘이 사건 조항’)에서 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’의 의미 및 이를 토대로 도출된 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 각 ‘상시근로자 수’를 전제로 하여 구 조특법 제144조 제3항이 정한 바에 따라 합병법인의 해당 과세연도의 ‘상시근로자 수’가 직전 과세연도의 ‘상시근로자 수’를 초과하는지 여부를 살펴야 하는지 여부(적극)

 

(1) 구 조특법 제144조 제3항은, 고용창출투자세액공제의 이월공제를 적용받기 위해서는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수를 초과하는 경우, 그 상시근로자 수를 기초로 계산된 금액을 한도로 하여 이월된 세액공제액을 적용할 수 있도록 규정하고 있다. 그리고 이때의 상시근로자 수 계산방법에 관하여는 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식에서 ‘상시근로자 수’를 ‘해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 ÷ 해당 과세연도의 개월 수’로 산출하도록 정하고 있다. 또한 구 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 합병 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우에 관하여, 승계시킨 기업(피합병법인)의 직전 과세연도의 상시근로자 수는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시킨 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 하도록 규정하고, 아울러 승계한 기업(합병법인)의 직전 과세연도의 상시근로자 수는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하고, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계한 것으로 보아 계산하도록 규정하고 있다.

 

(2) 이 사건 조항에서의 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’는 직전 과세연도와 해당 과세연도의 두 가지 모두 합병등기일이라는 특정한 날짜를 기준으로 실제 승계시키거나 승계한 상시근로자 수가 아니라, 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식 가운데 나타난 바와 같이, 위 각 과세연도 동안 피합병법인의 매월 말 현재 상시근로자 수 자체를 의미한다고 봄이 타당하다. 나아가 이를 토대로 위 계산식을 적용하여 도출된 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 각 ‘상시근로자 수’를 전제로 하여 구 조특법 제144조 제3항이 정한 바에 따라 합병법인의 해당 과세연도의 ‘상시근로자 수’가 직전 과세연도의 ‘상시근로자 수’를 초과하는지 여부를 살펴야 한다. 구체적인 이유는 다음과 같다. 

 

가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장ㆍ축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용된다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

 

나) 이 사건 조항은, 합병 시 상시근로자 수를 계산함에 있어 피합병법인과 합병법인을 통합된 하나의 단위로 보아, 합병 전 법인들의 상시근로자 수와 합병 후 하나가 된 법인의 상시근로자 수 사이에 차이가 없도록 하는 데에 그 취지가 있다. 그렇다면, 이 사건 조항을 적용하는 과정에서 합병에 따른 상시근로자 수를 구체적으로 계산할 때에도 위와 같은 취지에 부합하도록 피합병법인과 합병법인을 통합하여 하나의 법인인 것처럼 취급하여야 한다.

 

다) 이 사건 조항은, 합병으로 인해 피합병법인의 종전 사업부문에 종사하던 상시근로자가 합병법인에 승계되는 경우, 피합병법인과 합병법인의 각 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 상시근로자 수의 계산 방식을 규정하면서, 각각의 ‘과세연도 상시근로자 수’에 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’를 빼거나 더한 수로 계산하도록 정하고 있을 뿐, 합병등기일을 기준으로 삼도록 명시하고 있지 않다. 피합병법인과 합병법인이 마치 합병 이전부터 하나의 법인이었던 것처럼 해당 사업부문 전체가 그대로 이어진다고 바라보는 관점에서, 여기서의 ‘승계’ 상시근로자 수는 직전 과세연도 및 해당 과세연도에 걸친 해당 사업부문의 월별 상시근로자 수를 의미한다고 보아야 한다. 이를 전제로 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호에 따라 위 각 과세연도의 매월 말 상시근로자 수의 합을 각각의 해당 과세연도의 개월 수로 나누어 계산한 수를 ‘상시근로자 수’로 하는 계산식이 피합병법인과 합병법인별로 과세연도마다 적용되어야 한다.

 

정회목 변호사