대법원 2025. 9. 11. 선고 2023두34644 부가가치세경정거부처분취소
1. 판결의 요지
원고는 온라인 숙박예약 플랫폼을 운영하는 사업자로서, 제휴점과 이용객 사이의 숙박계약을 중개하고, 제휴점으로부터 총 판매대금의 일정비율을 예약대행수수료(이하 ‘이 사건 용역수수료’)로 지급받는 내용의 계약을 체결하였습니다. 원고는 이용객들에게 할인쿠폰 등을 발행하거나 포인트를 적립해 주고, 향후 이용객이 제휴점의 숙박상품을 예약하면서 이를 사용할 경우 제휴점으로부터 지급받아야 하는 이 사건 용역수수료에서 할인 상당액을 공제해주었습니다. 원고는 이와 같이 공제를 마친 뒤 일별 정산금액을 산정하여 4영업일 후에 제휴점에 송금하였습니다. 원고는 피고에게 이 사건 용역수수료에서 공제된 할인 상당액이 매출에누리에 해당한다고 주장하며 이를 공급가액에서 차감하여 부가가치세를 감액해 달라는 경정청구를 하였고, 피고는 각 개별 숙박계약 건별로 계산한 수수료를 한도로 하여 해당 수수료에서 공제된 할인액만을 매출에누리로 인정하였습니다. 이후 원고는 각 개별 숙박계약 건별로 계산한 수수료를 초과하여 발생한 할인액(이하 ‘이 사건 초과할인액’)도 매출에누리에 해당한다고 주장하면서 부가가치세를 감액해 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 경정을 거부하였고(이하 ‘이 사건 거부처분’), 이에 원고가 그 처분의 취소를 청구한 사안입니다.
원심은, 원고가 제휴점에 공급하는 용역의 단위가 각 숙박계약의 중개행위라는 전제에서 이 사건 초과할인액이 에누리액이 아닌 장려금에 해당하여 이 사건 거부처분이 적법하다고 판단하였습니다.
대법원은, 원고와 제휴점은 제휴점과 이용객 사이의 숙박계약과 구별되는 계약을 독립적으로 체결하였고, 그 계약에서 제휴점과 이용객의 개별 숙박계약에서 발생한 초과할인금을 가지고 원고와 제휴점 사이에 어떤 거래를 대상으로 어떻게 정산할 것인지 등은 원고와 제휴점의 자율적인 의사에 따라 정해진 점, 해당 정산기간 동안 총 판매대금을 기준으로 계산한 이 사건 용역수수료에서 같은 기간 동안의 숙박상품 할인액을 일괄 공제한 다음 그 잔액을 정산ㆍ지급하기로 원고와 제휴점 사이에 의사의 합치가 있었고, 그에 따라 이 사건 용역수수료에서 할인 상당액이 직접 차감되었다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 사건 용역수수료에서 실제로 공제된 할인 상당액은 해당 정산기간 동안의 총 수수료를 상한으로 하여 통상의 공급가액에서 직접 공제ㆍ차감되어야 할 에누리액에 해당한다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송하였습니다.
정회목 변호사
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