[조세분쟁 세무조사] 2차 세무조사가 금지되는 중복세무조사에 해당한다고 보아 그에 따른 과세처분은 위법한 것으로 판단한 대법원 판결

대법원 2020. 2. 13. 선고 2015두745 판결

1. 판결의 요지

피고가 2007년경 원고가 2003. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 수입한, 잎담배를 잘게 자른 각초(刻草)의 과세가격 적정 여부에 관하여 조사(이하 ‘제1차 조사’라고 한다)한 결과에 따라 과세처분을 한 이후 2009년 8월경부터 2011년 3월경까지 위 각초에 대하여  한 일련의 조사(이하 ‘제2차 조사’라고 한다) 결과에 따라 이 사건 처분을 한 사안에서, 제2차 조사는 납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사·확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 검사·조사하고 수집한 일련의 행위를 한 것이므로 구 관세법 제111조의 재조사가 금지되는 ‘조사’에 해당하고, 또한 제2차 조사는 제1차 조사에서 이미 조사의 대상으로 삼았던 것에 관하여 그 수입물품의 과세가격에 대하여 다시 조사를 한 것이므로 구 관세법 제111조에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세관공무원이 동일한 사안에 대하여 당초 조사한 과세가격 결정방법이 아닌 다른 과세가격 결정방법을 조사하였다고 하여 달리 볼 수 없음에도, 이와 달리 이 사건 처분이 재조사의 결과를 토대로 이루어진 것이라고 볼 수 없다고 판단한 원심판결을 법리오해를 이유로 파기한 대법원 판결입니다.

2. 적용 법리

세관공무원이 어느 수입물품의 과세가격에 대하여 조사한 경우에 다시 동일한 수입물품의 과세가격에 대하여 조사를 하는 것은 특별한 사정이 없는 한 구 관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되기 전의 것) 제111조에서 금지하는 재조사에 해당하는지 여부(적극)

구 관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조에 의하면, 세관공무원은 예외적인 경우를 제외하고는 해당 사안에 대하여 이미 조사를 받은 자에 대하여 재조사를 할 수 없다. 나아가 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다.

이때 세관공무원의 조사행위가 구 관세법 제111조가 적용되는 ‘조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하며, 납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사·확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 검사․조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘조사’로 보아야 한다.

한편 세관공무원이 어느 수입물품의 과세가격에 대하여 조사한 경우에 다시 동일한 수입물품의 과세가격에 대하여 조사를 하는 것은 특별한 사정이 없는 한 구 관세법 제111조에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세관공무원이 동일한 사안에 대하여 당초 조사한 과세가격 결정방법이 아닌 다른 과세가격 결정방법을 조사하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.

3. 사실관계

1) 피고는 2007년경 원고가 2003. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 수입한, 잎담배를 잘게 자른 각초(刻草)의 과세가격 적정 여부에 관하여 조사(이하 ‘제1차 조사’라고 한다)한 후, 2008. 3. 13. 그 결과를 기업심사결과통지서에 기재하여 원고에게 통지하였다. 위 기업심사결과통지서에는 크게 세 가지 사항에 대한 내용과 그에 대한 조치사항이 기재되어 있었는데, 그중 하나는 제1차 조사 대상 기간에 수입된 각초의 과세가격 결정과 관련하여 일부 각초 수입건의 가산금액을 신고에서 누락하였다는 것이었고, 그에 대하여는 서울세관장이 2003년 조사결과통지 당시 적용하였던 구 관세법 제35조의 ‘합리적 기준에 의한 과세가격의 결정’ 방법과 그 가산비율을 그대로 유지한다는 취지가 기재되어 있었다. 한편, 위 기업심사결과통지서가 첨부된 피고의 공문에는 ‘원고가 지급하는 상표권 사용료 및 동 사용료와 이전가격의 관계에 대하여는 추가자료 요청 등이 있을 수 있다’고 기재되어 있었다.

2) 이후 원고는 위 각초의 과세가격 가산금액 누락 부분에 관해서 수정신고를 하였고, 피고는 원고가 수정신고하지 않은 다른 사항과 관련하여 2008. 4. 17. 과세처분하였다.

3) 제1차 조사결과 통지 시점으로부터 약 1년 4개월이 지난 2009. 8. 10. 피고는 원고에게 “과세가격 심사 질문서 및 자료제출 요구”라는 문서로, ‘원고의 수출입통관 적정성 여부에 대하여 기획심사를 진행하고 있다’고 밝히면서, 원고가 스위스국 법인 Philip Morris Products S.A.(이하 ’PMPSA’라고 한다)에 지급하는 로열티가 수입물품의 거래가격에 영향을 미쳤는지와 관련하여 ‘2007. 8. 1. 이후 로열티 계산내역 및 외환지급 관련 전표, 2005년 이후 각 담배종류별 판매수량 및 판매금액에 관한 자료, 2005년 이후부터 현재까지 연도별 제조원가명세서’를 제출하라고 요구하였고, ‘2004년 라이선스 계약을 변경하여 로열티율을 인상하게 된 사유, 2001년 계약 시 매출액 대비 로열티 비율이 브랜드별로 동등했다가 2004년 상이하게 변경된 사유 등’에 관하여 질문하였으며, ‘위 질문에 대한 답변의 근거자료, PMPSA가 다른 특수관계자와 맺은 로열티 계약서, 원고의 모회사인 Philip Morris International Inc. 및 그 계열회사들의 로열티 산정과 관련한 기본원칙에 관한 자료 등’을 제출하도록 요구하였다.

원고는 2009. 8. 27.경 일부 자료를 제출한 후 2009. 9. 11.경 피고의 질문에 대하여 개별적․구체적으로 답변하면서 피고가 요구한 자료를 제출하였다. 피고는 2009. 12. 9. 원고에게 “로열티 산정내역 등 추가자료제출 요청”이라는 문서로, ‘수입물품의 과세가격을 검토하고자 한다’고 밝히면서, ‘원고가 특수관계자에게 지급하였거나 지급하고 있는 로열티, 전문용역비 등 지급내역이 직․간접적으로 수출자에게 귀속되는 것이 아니라는 증명자료가 있을 경우 이를 제출하고, 2008년 이후 관계사에 지급한 전문용역비 등 지급내역에 대한 자료를 제출하며, 2007년 조사 당시 피고가 인지하고 있던 용역계약이 종결되었다면 그 사유에 관해 설명하고 근거자료를 제출하라’고 요구하였다.

4) 피고는 2010. 8. 31. 원고에게 “기업심사 관련 업무협조 요청”이라는 문서를 보냈는데, 위 문서에는 ‘기존 심사결과 통지에서 언급한 바와 같이, 원고가 관계사에 지급하고 있는 로열티와 수입물품의 관련성 및 거래조건에 대해 심사 중이다. 그 내역과 관련하여 피고의 입장과 검토내역에 대한 원고의 의견을 청취하기 위해 피고의 기획심사 팀장 등 소속 직원이 2010. 9. 3. 원고를 방문하고자 한다’는 내용이 기재되어 있었다. 피고 소속 세관공무원은 2010. 9. 3. 원고의 사업장을 방문하였다.

피고 소속 세관공무원이 원고를 방문한 후 원고는 2010. 9. 28. 답변서를 제출하였고, 이에 대해 피고는 2010. 10. 14. “추가답변서 제출에 따른 질문서 송부”라는 문서로, 추가 질문에 대한 답변과 소명자료 제출을 요구하였다. 당시 답변 내지 소명자료 제출을 요구한 사항은 ‘담배완제품 및 반제품의 물품 가격에 로열티가 포함되는지 여부에 대한 이전가격원칙을 제출하고, 원고가 지불하는 로열티에 대하여 수입거래조건과 국내마케팅 조건이라는 상반된 입장을 설명하며, 원고가 2009. 9. 11. 제출한 자료에 사용된 관련 자료 및 계약서 등을 제출하고, 원고가 2009. 9. 11.에 한 주장과 2010. 9. 28.에 한 주장이 상반된 이유를 제시하며, 연구개발비용을 PMPSA가 부담할 뿐 계열회사 등으로부터 회수하지 않는다는 점에 대한 객관적인 논증을 제출하고, 원고가 2007. 11. 19. 제시한 각국의 법원 판결사례를 제출하며, 원고가 각초 수입과 관련하여 체결한 공급계약은 어느 가격정책에 해당하고 가격결정 방법은 무엇인지 관련 자료를 제출하라’는 것이었다. 원고는 2010. 11. 12.경 ‘추가 질문서에 대한 답변 송부’ 라는 문서로 위 질문 사항에 대하여 답변하였다.

5) 피고는, 수출자가 로열티 지급조건 없이 제3자에게 각초를 공급한 실적에 대한 사실관계 및 거래조건을 확인하기 위하여 원고에게 ‘제3자 공급가격 및 공급물량 등의 자료’를 구두로 요청하였다가, 2011. 3. 7. “자료제출요구”라는 문서로, ‘원고가 PMPSA에 지급하는 로열티가 관세법 제30조의 과세가격 결정 기준에 따라 과세가격에 해당하는지 검토 중에 있다’고 밝히고, ‘수출자가 로열티 지급조건 없이 제3자에게 판매한 브랜드별 거래 기간 및 판매물량, 수출자가 로열티 지급조건 없이 제3자에게 판매한 각초의 브랜드별 레시피․품질․가격 등이 원고가 수입한 각초와 동일한지, 만일 동일하지 않다면 그 차이와 사유가 무엇인지, 수출자가 로열티 지급조건 없이 제3자에게 판매하면서 상표사용을 허용하지 아니한 경우 이외에 사용․처분에 제한조건이 있었는지, 있었다면 그 내용은 무엇인지’ 등에 관한 근거자료를 2011. 3. 11.까지 제출하도록 요구하면서, ‘기한 내에 제출하지 않는 자료는 심사자료로 사용이 제한될 수 있다’고 하였다.

6) 피고는 2011. 3. 15. 원고에게 “심사 관련 업체 방문 협조요청”이라는 문서를 보냈는데, 위 문서에는 ‘원고가 수입하는 물품에 대하여 기업심사 중이고, 심사와 관련하여 2011. 3. 16. 원고의 ○○공장을 방문할 예정이다’라는 내용이 기재되어 있고, 방문자는 ‘심사처분 심의위원단’, 방문목적은 ‘수입물품 및 2차 물품의 제조공정 확인 등’이라고 기재되어 있었다. 피고 소속 세관공무원이 포함된 심사처분 심의위원단은 위 문서 송부일 다음 날인 2011. 3. 16. ○○시에 있는 원고의 담배 제조공장을 방문하였다.

7) 피고는 2011. 3. 29. 원고에게 기업심사결과통지서를 송부하였는데, 위 통지서에는 조사대상 기간이 ‘2006. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지’로 기재되어 있었고, 위 통지서의 적출 내역에는 ‘원고가 지급한 로열티와 관련하여 추가심사를 하였는데, 관세법 제30조를 적용하여 원고가 2006년 및 2007년 수입한 각초의 과세가격에 원고가 PMPSA에 지급한 로열티를 가산한다’는 취지가 기재되어 있었다.

8) 피고는, 원고가 2006. 4. 6.부터 2007. 12. 28.까지 PMPSA 등으로부터 수입한 각초의 거래가격에 원고가 PMPSA에 지급한 권리사용료 중 일부를 가산하여, 2011. 3. 29.부터 2011. 11. 1.까지 네 차례에 걸쳐 피고에게 관세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

4. 법원의 판단

다음과 같은 사정들을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고 소속 세관공무원이 2009년 8월경부터 2011년 3월경까지 한 일련의 조사행위는 구 관세법 제111조에 의하여 금지되는 재조사에 해당한다고 봄이 타당하다

1) 다음과 같은 점들을 종합하면, 피고가 2009년 8월경부터 2011년 3월경까지 한 일련의 조사행위는 구 관세법 제111조가 적용되는 ‘조사’(이하 ‘제2차 조사’라고 한다)에 해당한다.

가) 피고는 2007년경 제1차 조사를 하고 2008년 3월경 그 결과를 통지하였을 뿐 아니라, 원고는 그 결과에 따라 누락되었다는 각초의 가산금액에 관하여 수정신고까지 하였는데, 피고는 위 조사결과 통지가 이루어진 때로부터 약 1년 4개월 이상이 지난 2009년 8월경 다시 자료제출요청을 시작한 이래, 2011년 3월경까지 1년 6개월이 넘는 기간 동안 수차례 자료제출을 요청하면서 각초의 과세가격과 관련한 여러 사항들에 대해 질문하고 답변을 요구하였다.

나) 피고는 각초의 과세가격과 관련한 여러 사항에 대해 구체적․개별적으로 질문하면서 그에 관한 상세한 자료를 제출하도록 요구하였는데, 그러한 질문에 대한 답변과 피고가 요구한 자료에는 원고나 원고의 모회사 등 관계회사들의 영업비밀과 밀접하게 관련된 것들이 포함되어 있었고, 원고가 답변하고 자료를 준비하여 제출하는 과정에 상당한 노력이 필요했던 것으로 보인다. 또한 피고는 원고의 답변을 종전의 답변과 대조하면서 그 답변이 상반된다고 지적하고 그 이유를 추궁하기도 하였고, 기한을 정하여 자료제출을 요구하면서 정해진 기한까지 자료를 제출하지 않으면 조사자료로 사용되지 않을 수 있다고 독촉하기도 하였다.

다) 한편, 피고는 서면으로 자료를 제출하도록 요구하거나 질문을 하면서, 원고가 지급한 권리사용료와 관련하여 각초의 과세가격에 관하여 조사 중이라는 취지를 스스로 밝혔다.

라) 피고 소속 세관공무원은 두 차례에 걸쳐 원고의 사업장과 공장을 방문하였는데, 피고 소속 세관공무원은 2010. 9. 3. 원고의 사업장을 방문한 시점을 전후하여 원고에게 수차례 서면으로 질문하고 자료제출을 요구하여 원고로부터 그에 대한 답변과 자료를 제출받은 점, 2010. 9. 28.에는 원고가 위 방문 당시 피고 소속 세관공무원이 밝힌 입장에 대한 답변서를 제출한 점, 피고 소속 세관공무원의 조사행위는 2011. 3. 7.경까지 이어지다가 2011. 3. 16. 피고 소속 세관공무원이 포함된 심사처분 심의위원단이 원고의 담배 제조공장을 방문하여 제조공정을 확인한 점, 이러한 일련의 행위에 기하여 2011. 3. 29.경부터 2011. 11. 1.경까지 이 사건 처분이 이루어진 점 등을 고려하면, 피고 소속 세관공무원의 각 방문행위도 전체적으로 위와 같은 일련의 행위와 함께 재조사금지 규정에서 말하는 ‘조사’를 구성하는 것으로 볼 수 있다.

2) 피고가 2007년경 실시한 제1차 조사의 대상은 2003. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 수입된 각초의 과세가격이었고, 피고가 2009년부터 2011년까지 실시한 제2차 조사의 대상은 2006. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 수입된 각초의 과세가격이었다. 이처럼 제2차 조사의 대상은 제1차 조사에서 이미 조사의 대상으로 삼았던 것이었고, 2006. 4. 6.부터 2007. 12. 28.까지 수입된 각초에 대하여 이루어진 이 사건 처분은 이러한 제2차 조사에 기하여 이루어졌다.

구 관세법은 수입물품의 과세가격 결정에 관하여 제30조 내지 제35조에서 여섯 가지 결정방법을 규정하면서, 원칙적으로 제30조에 따라 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격을 기초로 과세가격을 결정하고 제30조의 규정에 의한 방법으로 결정할 수 없는 때에 한하여 제31조 내지 제35조를 순차적으로 적용하여 결정하도록 하고 있는데, 피고가 과세가격을 결정하면서 제1차 조사결과 구관세법 제30조가 아닌 제35조를 적용하였다가 제2차 조사결과 구 관세법 제30조를 적용하였더라도, 위 각 조사는 모두 동일한 각초의 과세가격 결정에 관한 것으로서, 그 대상이 동일하다고 보아야 한다.

3) 제1차 조사결과를 기재한 2008. 3. 13.자 기업심사결과통지서가 첨부된 공문에 ‘상표권 사용료 및 상표권 사용료와 이전가격의 관계에 대하여 추가자료 요청 등이 있을 수 있다’고 기재되어 있더라도, 이러한 기재를 하였다는 이유만으로 원칙적으로 금지되는 재조사가 아무런 제한 없이 허용된다고 할 수 없다.

4) 결국 피고 소속 세관공무원의 제2차 조사는 구 관세법 제111조에 의하여 금지되는 재조사에 해당하고, 이러한 제2차 조사에 기하여 이루어진 이 사건 처분은 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하다. 그럼에도 원심은, 제1차 조사의 대상에는 각초의 실제지급가격에 권리사용료를 가산할 것인지 여부가 포함되어 있지 않았는데 제2차 조사의 대상은 위 사항에 국한되었으므로 두 조사는 그 대상이 실질적으로 다르고, 피고가 제1차 조사결과를 통지하면서 권리사용료에 관한 조사를 추가로 진행할 예정이라고 밝혔다는 등의 이유를 들어, 이 사건 처분이 재조사의 결과를 토대로 이루어진 것이라고 볼 수 없다고 판단하고, 이 사건 처분이 재조사금지의 원칙에 반하여 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 관세법 제111조에서 정한 재조사금지 원칙에 대한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

정회목 변호사