[조세분쟁 부과제척기간] 부가가치세 매입세액 공제, 부과제척기간, 소득금액변동통지 등이 문제된 사건

대법원 2021. 12. 30. 선고 2017두72256 법인세등부과처분취소 판결

 

1. 판결의 요지

 

원고가 허위계약서를 작성하여 사용료, 자문료, 고문료를 가공비용으로 계상하고 거짓 세금계산서를 발행하였다고 이유로 부과된 법인세, 부가가치세 부과처분 및 위 가공비용 상당액을 그 귀속자에 대한 소득으로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지의 취소를 구한 사건입니다.

 

법인세에 대하여는 부정행위에 해당한다고 보아 10년의 장기부과제척기간 및 부당과소신고가산세가 적용되고, 부가가치세에 대하여는 부정행위에 해당하지 않는다고 보아 장기부과제척기간 및 부당과소신고가산세가 적용되지 않는다는 보고, 이 사건 소득금액변동통지 중 사망자를 소득의 귀속자로 하는 부분은 유효하게 성립한 원천납세의무자의 소득세 납부의무를 전제로 하는 것으로서 적법하고, 소득의 귀속자가 사용료, 고문료의 일부를 종합소득에 합산하여 종합소득세를 신고·납부한 이후 그에 대한 소득처분이 이루어진 이상, 소득세법 제155조에 의하여 이 사건 소득금액변동통지에 따른 원고의 소득세 원천징수의무가 배제된다고 볼 수 없고, 위 종합소득세 신고·납부로 인하여 위 소득 귀속자의 소득세 원천납세의무 및 원고의 소득세 원천징수의무가 소멸하였다고 볼 수 없다고 보아, 원심판결을 일부 파기한 판결입니다.

 

2. 사실관계

 

가. 원고는 화장품 제조 및 판매업 등을 하는 법인이다. 주식회사 아이원아이홀딩스

(이하 ‘아이원아이홀딩스’라 한다)는 경영컨설팅 서비스를 제공하는 법인으로 원고의

주주이고, 소외 1은 원고와 아이원아이홀딩스의 주주이며, 망 소외 2는 소외 1의 아버

지로 아이원아이홀딩스를 실질적으로 지배하였다.

 나. 원고는 소외 1과 상표권의 전용사용권설정계약(이하 ‘이 사건 사용계약’이라 한

다)을 체결하고 2004년부터 2013년까지 소외 1에게 사용료 명목으로 합계

1,495,057,566원(부가가치세 별도, 이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)을 지급하였고, 아이원

아이홀딩스와 경영자문 용역계약(이하 ‘이 사건 자문계약’이라 한다)을 체결하고 2007

년부터 2013년까지 아이원아이홀딩스에 자문료 명목으로 합계 485,545,440원(부가가치

세 별도, 이하 ‘이 사건 자문료’라 한다)을 지급하였다. 또한 원고는 소외 2와 고문위촉

계약을 체결하고 2011년부터 2013년까지 소외 2에게 고문료 명목으로 합계

540,000,000원(부가가치세 별도, 이하 ‘이 사건 고문료’라 한다)을 지급하였다. 다. 피고는 이 사건 사용료, 자문료 및 고문료가 모두 실제 용역 등의 공급 없이 지

급된 가공의 비용이라고 보아 그 손금 산입을 부인하고, 이와 관련하여 원고가 발급받

은 세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 그 매입세액 공제를

부인하여, 2014. 7. 1. 원고에게 2004 사업연도 내지 2013 사업연도 각 법인세(부정과

소신고가산세 등 가산세 포함)와 2004년 제1기 내지 2013년 제2기 각 부가가치세(부정

과소신고가산세 등 가산세 포함)를 경정ㆍ고지하였다(이하 순차로 ‘이 사건 법인세 부과처분’, ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하고, 이들을 합쳐 ‘이 사건 각 부과처분’ 이라 한다). 또한 피고는 같은 날 원고에게 이 사건 사용료 상당액을 소외 1에 대한

2005년 내지 2014년 귀속 각 배당소득으로, 이 사건 고문료 상당액을 소외 2에 대한

2012년 내지 2014년 귀속 각 기타소득으로 소득처분하는 내용의 각 소득금액변동통지

(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다.

 

3. 파기환송 부분

 

(1) 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

 

가) 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’나 제47조의3 제2항 제2호에서 규정한 ‘부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과 신고한 경우’에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결, 대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 등 참조).

 

나) 기록에 의하면, 소외 1, 아이원아이홀딩스 및 소외 2가 이 사건 사용료, 자문료 및 고문료에 관한 부가가치세를 모두 신고ㆍ납부하였고, 이후 환급받지 않았음을 알 수 있다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 사실과 다른 세금계산서로 이 사건 사용료 등에 관한 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라고 인식하였다고 보기 어렵다. 따라서 원고가 위와 같이 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 공제받은 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 및 제47조의3 제2항 제2호에 규정된 ‘사기 기타 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 해당한다고 볼 수 없다.

 

결국 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2004년 제1기 내지 2008년 제2기 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)은 5년의 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어진 것이어서 위법하고, 2009년 제1기 내지 2013년 제2기 각 부가가치세 부과처분 가운데 부정과소신고가산세 부분 역시 위법하다.

 

다) 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 이 사건 부가가치세 부과처분이 모두 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 부가가치세와 관련하여 장기부과제척기간과 부정과소신고가산세의 적용 요건인 ‘사기 기타 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다

 

정회목 변호사