[행정소송 조세분쟁] 법인세법상 자산의 취득가액에 관한 조세심판원 재조사 결정의 기속력이 문제된 사건

대법원 2024. 7. 25. 선고 2022두60745   법인세경정거부처분취소

 

1. 판결의 요지

 

주택재개발정비사업조합인 원고는 관할관청으로부터 2006. 6. 28. 사업시행계획인가를, 2007. 12. 27. 관리처분계획인가를 각 받고 2013. 12. 경 준공인가를 받았습니다. 이후 원고는 2014. 3. 31. 피고에게 2013 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 조합원들이 현물출자한 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 자산’)의 취득가액을 ‘사업시행계획인가일’을 기준으로 감정평가한 가액으로 하여 손금에 산입하였으나, 2019. 4. 1. 피고에게 이 사건 자산의 취득가액을 ‘관리처분계획인가일’을 기준으로 감정평가한 가액으로 보아야 한다고 주장하면서 2013 사업연도 법인세의 감액경정을 청구하였습니다. 피고는 2019. 6. 3. ‘원고가 경정청구 시 제출한 감정가액은 객관성·합리성이 결여된 소급감정가액에 해당한다’는 이유로 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 경정거부처분’)하였고, 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였습니다. 조세심판원은 2020. 5. 15. 위 두 감정가액 모두 이 사건 자산의 취득 당시의 시가로 볼 수 없다고 판단하면서, ‘이 사건 경정거부처분은 이 사건 자산의 취득가액을 ‘관리처분계획인가일’ 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다’는 주문의 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’)을 하였습니다. 부산지방국세청장은 2020. 7. 9. ‘이 사건 재조사 결정에 따른 처리결과 이 사건 자산에 관한 객관적·합리적인 감정평가액이 존재하지 않으므로, 「상속세 및 증여세법」에 따른 보충적 평가방법을 적용해야 하나, 이 경우 원고가 당초 신고한 과세표준 및 세액보다 원고에게 불리하므로 불이익변경금지 원칙에 따라 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한다’는 취지의 통지(이하 ‘이 사건 처리결과통지’)를 하였습니다. 이에 원고는 피고를 상대로 이 사건 경정거부처분에 대하여 취소를 청구하였습니다.

 

원심은, ‘이 사건 자산에 관하여 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격이 없더라도 공신력 있는 감정기관에 의한 시가의 산정이 가능한 경우에는 감정평가를 하여야 하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 감액경정하라’는 것이 이 사건 재조사 결정의 취지라고 전제한 다음, 피고가 이 사건 자산에 관한 감정평가를 하지 않은 채 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한 것은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하다고 판단하였습니다.

 

대법원은 아래와 같은 법리를 설시하면서, ① 이 사건 재조사 결정은 그 주문에서 시가 재조사만을 명하였을 뿐 재조사 방법을 감정평가로 제한하지 않았고, 부산지방국세청장이 그 취지에 따라 재조사를 한 점, ② 부산지방국세청장 등에게 이 사건 자산의 취득가액을 산정하기 위하여 새롭게 감정평가를 의뢰하여야 할 의무가 있다고 볼 수는 없는 점, ③ 구 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지 원칙이 적용된 결과, 원고에게 불리한 증액경정이 허용되지 않는다고 하여 이 사건 재조사 결정에서 말하는 세액의 경정이 ‘감액경정’만을 의미한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 피고가 이 사건 자산에 관한 감정평가를 하지 않은 채 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한 것이 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉되지 않는다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기·환송하였습니다.

 

2. 적용법리

 

자산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지의 재조사 결정이 있는데도 처분청이 감정평가를 하지 않은 채 당초의 처분을 그대로 유지한 경우 재조사 결정의 기속력에 저촉되는지 여부(소극)

 

구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제81조에서 ‘심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다.’고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 ‘제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.’고 규정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제65조 제1항 제3호는 “심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

 

이와 같이 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있으므로, 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결 참조).

 

 

정회목 변호사