[조세분쟁 행정소송] 양도소득세 장기보유특별공제와 관련하여 비사업용 토지로 이용된 기간의 산정이 문제가 된 사건

대법원 2019. 8. 30. 선고 2018두57940 판결

1. 판결의 요지

관계 법령에 따르면 건축물의 부속토지 중 일정 면적의 토지는 그 건축물이 철거된 날부터 6개월이 경과하기 전까지 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 비사업용 토지인지 여부를 판정하여야 함에도 이와 달리 위 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 보는 기간에서 제외할 수 없다고 본 원심판결을 법리오해 및 심리미진을 이유로 파기한 대법원 판결입니다.

2. 사실관계

가. 원고는 소외 1과 함께 2005. 10. 21. 서울 강남구 (주소 1 생략) 대 396.5㎡ 및 (주소 2 생략) 대 210.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)와 그 지상 철골조 평슬래브 3층 근린생활시설 건물(이하 ‘종전 건물’이라고 한다)의 각 1/2지분을 취득하였고, 그 무렵부터 종전 건물에 대한 임대사업을 영위하였다.

나. 원고와 소외 1은 2010. 3. 10. 종전 건물을 철거하였고, 그로부터 2년 이내인 2011. 11. 18. 이 사건 토지 지상에 관할관청의 허가를 받은 모델하우스(이하 ‘이 사건 건축물’이라고 한다)가 신축되었다가 2012. 11. 17. 철거되었다.

다. 원고와 소외 1은 2014. 12. 4. 이 사건 토지를 소외 2에게 양도하였고, 원고는 2015. 2. 28. 피고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 토지가 비사업용 토지임을 전제로 이 사건 토지의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하지 아니한 채 양도소득세를 신고․납부하였다.

라. 이후 원고는 2016. 6. 1. 피고에게 ‘이 사건 토지는 이 사건 건축물이 철거된 2012. 11. 17.부터 6개월이 경과하기 전 날인 2013. 5. 16.까지(이하 ’이 사건 기간‘이라고 한다) 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지로서 이 사건 기간 동안 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외되고, 결국 비사업용 토지의 기간 요건을 충족하지 못하여 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항에서 정한 비사업용 토지에 해당하지 않는다’는 이유로 이 사건 토지의 양도차익에서 장기보유특별공제액이 공제되어야 한다고 주장하면서 양도소득세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2016. 12. 15. 이 사건 토지의 경우 이 사건 기간 동안 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외된다고 볼 수 없어 결국 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 위 거부처분 중 원고가 구하는 548,502,326원에 대한 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

3. 법원의 판단 - 건축물의 부속토지는 그 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월 동안 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외되는지 여부(적극)

가. 적용법리

구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제104조의3 제1항 제4호, 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호는 양도로 인한 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 ‘비사업용 토지’에 관하여 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간의 모두에 해당하는 기간 동안 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’에 해당하는 토지는 원칙적으로 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 적용 대상에서 배제하되, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 (나)목은 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지에 해당하는 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하도록 정하고 있다.

한편 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제2호 (가)목 및 그 위임을 받은 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제2호, 제103조 제1항 제1호는 재산세 별도합산과세대상 토지의 하나로 ‘과세기준일 현재 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월이 지나지 아니한 건축물의 부속토지 중 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지’를 들고 있고, 여기서 건축물이란 ‘토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 건축물이나 이와 유사한 형태의 건축물’ 등을 말한다(구 지방세법 제104조 제2호 및 제6조 제4호, 건축법 제2조 제1항 제2호 참조).

이와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 구 소득세법에서 양도소득금액 산정과 관련하여 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’의 소유기간 동안을 비사업용 토지로 이용된 기간으로 보지 않는 취지 등을 종합하면, 건축물의 부속토지 중 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호에 정한 면적의 토지는 그 건축물이 사실상 멸실된 날부터 6개월 동안 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여 구 소득세법 시행령 제168조의6 각 호의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부에 따라 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 비사업용 토지인지 여부를 판정하여야 한다고 봄이 타당하다.

나. 판단

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 토지 중 이 사건 건축물의 부속토지로서 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호에 정한 면적의 토지는 이 사건 건축물이 철거된 날부터 6개월이 경과하기 전 날까지의 기간인 이 사건 기간 동안 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서 그 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외하여 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 각목의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부에 따라 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 구 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 비사업용 토지인지 여부를 판정하여야 한다.

그럼에도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외할 수 없다는 잘못된 전제에서, 이 사건 기간을 제외할 경우 이 사건 토지 중 이 사건 건축물의 부속토지로서 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호에 정한 면적의 토지가 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 각 목의 기간 요건을 모두 충족하였는지 여부를 심리하지도 아니한 채 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심 판단에는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 (나)목의 ‘재산세 별도합산과세대상이 되는 토지’의 해석 등에 관한 법리를 오해하고 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

정회목 변호사