[조세분쟁 부가가치세] 세금계산서에 기재된 공급받는 자의 등록번호가 실제 공급받는 자의 등록번호로 인정되는 경우 매입세액 공제가 인정된다고 본 판결

대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결

1. 판결의 요지

쟁점 사업장에 대하여 직원들 명의로 사업자등록을 하였을 뿐 이를 자신의 계산과 책임으로 직접 운영하면서 부가가치세를 신고·납부해 온 원고가 직원들 명의의 등록번호를 ‘공급받는 자’의 등록번호로 기재한 쟁점 세금계산서를 수취한 것과 관련하여, 명의위장등록가산세 및 매입세액 불공제를 이유로 한 부가가치세 등이 부과된 사안에서, 일부 과세기간 중 명의위장등록가산세의 부과제척기간이 경과하였고, 쟁점 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 있다고 보아야 한다는 이유로, 이와 다른 취지의 원심판결을 일부 파기한 판결입니다.

2. 대법원의 판단

가. 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호에서 규정하는 명의위장등록가산세의 부과제척기간

구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제22조 제1항 제2호의 명의위장등록가산세는 부가가치세 본세 납세의무와 무관하게 타인 명의로 사업자등록을 하고 실제 사업을 한 것에 대한 제재로서 부과되는 별도의 가산세이고, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1의2호에 따라 납세자의 부정행위로 부과대상이 되는 경우 10년의 부과제척기간이 적용되는 별도의 가산세에도 포함되어 있지 않으며, 이에 대한 신고의무에 대하여도 별도의 규정이 없으므로, 그 부과제척기간은 5년으로 봄이 타당하다.

나. 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자의 등록번호’를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있다면 ‘공급받는 자의 성명 또는 명칭’이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액 공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수 있는지 여부(소극)

세금계산서에 기재된 ’공급받는 자의 등록번호‘를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있다면 ’공급받는 자의 성명 또는 명칭‘이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액 공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없다. 따라서 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 타인의 명의를 빌린 사업자가 어느 사업장에 대하여 그 타인의 명의로 사업자등록을 하되 온전히 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하며 부가가치세를 신고·납부하는 경우와 같이 그 명칭이나 상호에도 불구하고 해당 사업장이 온전히 실제 사업자의 사업장으로 특정될 수 있는 경우 그 명의인의 등록번호는 곧 실제 사업자의 등록번호로 기능하는 것이므로, 그와 같은 등록번호가 ‘공급받는 자’의 등록번호로 기재된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.

정회목 변호사