[조세분쟁 특허사용료] 국내 미등록 특허권 사용료가 한미조세협약상 한미조세협약상 국내원천소득에 해당하는지 문제된 사건

대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908   경정거부처분 취소

 

1. 판결의 요지

 

국내 반도체 회사인 원고는 미국에서 미국법인으로부터 특허침해소송을 제기당한 후, 2013년 미국법인과 그 소송을 종료하고 미국법인이 보유한 미국 등록 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’)에 관한 라이선스를 허여받는 내용의 특허권 라이선스 및 화해 계약(이하 ‘이 사건 계약’)을 체결하였습니다. 원고는 이 사건 계약에 따라 미국법인에게 사용료(로열티, 이하 ‘이 사건 사용료’)를 지급하면서 과세관청인 피고에게 원천징수분 법인세를 납부하였습니다. 그 후 원고는 이 사건 사용료가 국외에만 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 이른바 ‘국내 미등록 특허권’에 대한 것이므로 국내원천소득이 아니라는 종전 판례 법리(대법원 2012두18356 판결 등)를 근거로 피고에게 납부한 원천징수분 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고가 이를 거부하자 그 거부처분의 취소를 청구하였습니다.

 

원심은, 특허권 속지주의 원칙상 특허권은 등록된 국가 영역 외에서는 침해될 수 없어 이를 사용하거나 그 사용대가를 지급한다는 것을 애초에 상정할 수 없다는 종전 판례(대법원 2012두18356 판결 등)에 따라 이 사건 사용료는 국내 미등록 특허권에 관한 것으로서 국내원천소득이라고 볼 수 없다고 판단하였습니다(원고 승).

 

대법원은 전원합의체 판결을 통하여 아래와 같은 법리를 설시하면서, ‘특허의 사용’이라는 용어는 한미조세협약에 정의되지 않은 용어이므로 협약 제2조 제2항 전문에 따라 국내법인 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따라 그 의미를 해석하여야 하고, 달리 한미조세협약상 위와 같이 국내법에 따른 해석을 배제할 만한 문맥을 찾을 수 없다고 보면서, 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따르면 결국 한미조세협약상 ‘특허의 사용’은 특허권 자체의 사용이 아니라 특허기술을 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용하는 것을 의미한다고 판단하고, 이 견해에 배치되는 종전 판례를 변경하면서, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송하였습니다.

 

이러한 다수의견에 대하여 ➀ 대법관 노태악, 대법관 이흥구, 대법관 이숙연의 반대의견, ➁ 다수의견에 대한 대법관 권영준, 대법관 노경필의 보충의견, ➂ 반대의견에 대한 대법관 노태악의 보충의견이 있습니다.

 

그중 반대의견의 요지는 다음과 같음

 

- 문언의 통상적 의미나 구 법인세법을 비롯한 관련 법령의 문언과 체계에 따르면 한미조세협약에서 말하는 ‘특허’는 등록으로 효력이 생기는 ‘특허권’이라는 권리 자체를 의미하고, 그 보호대상에 불과한 ‘발명’이나 ‘기술’을 가리키는 것이 아님. 특허권은 법에 의해 비로소 발생하는 권리이므로 그 효력이나 사용이 이루어지는 모습 역시 법에 의해 정해질 수밖에 없음. 따라서 ‘특허권 속지주의’ 원칙상 ‘특허의 사용’은 그 특허권이 등록된 나라 내에서만 이루어질 수 있고, 종전 대법원 판례는 타당한 것이어서 유지되어야 함

- 한미조세협약에 따르면 특허의 국내 사용에 대한 ‘대가’로 지급되는 금원만이 국내에 원천을 둔 소득이 될 수 있는데, 이 사건을 포함해 대부분의 국내 미등록 특허 사용료 사안에서 라이선스 등 계약이 체결된 이유는, 내국법인이 만든 제품을 미국에 수출하는 과정에서 미국회사와 사이에 발생한 특허침해분쟁을 해결하기 위한 것이었음. 이러한 경위에 비추어 보면, 그 사용료는 미국 특허권을 미국 내에서 사용하는 것에 관한 대가일 뿐 특허권의 대상인 발명의 국내 사용에 대한 대가라고 볼 수 없음

 

2. 적용법리

 

국내 미등록 특허권 사용료가 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에서 정한 특허의 국내 사용에 대한 대가로서 국내원천소득에 해당하는지 여부(적극)

 

한미조세협약은 구 법인세법 제93조 제8호에서 규정하는 ‘사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 이중과세 방지협약’에 해당한다. 한미조세협약에 따른 ‘사용지’를 확정하려면 먼저 ‘사용’의 의미를 명확히 할 필요가 있다. 그런데 한미조세협약은 ‘사용’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않다. 그러므로 한미조세협약 제2조 제2항 전문에 따라 ‘사용’의 의미는 조세가 결정되는 체약국인 우리나라의 법에 따라 해석하여야 한다. 이와 관련하여 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 국내 미등록 특허권이 국내 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정한다. 여기서 ‘사용’은 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법․기술․정보 등(이하 ‘특허기술’이라 한다)을 사용한다는 의미로 보아야 한다. 따라서 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다.

 

한편 앞서 본 대로 한미조세협약 제2조 제2항 전문은 협약에서 정의되지 아니한 용어는 조세가 결정되는 체약국의 법에 따른 의미를 가진다고 규정하면서도 한미조세협약의 문맥상 그 의미가 다르게 해석된다면 그 문맥에 따르도록 규정하고 있다. 대법원은 그동안 특허권 속지주의를 근거로, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호의 특허 ‘사용’은 특허권이 등록된 국가 내에서만 특허발명을 실시하는 형태로 이루어질 수 있을 뿐이어서 국내 미등록 특허권의 국내 사용이나 그 사용대가의 지급은 관념할 수 없으므로 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 한미조세협약의 문맥에 반한다고 판단하였다. 하지만 특허 ‘사용’의 의미를 이와 같이 해석할 만한 한미조세협약의 문맥은 찾기 어려우므로 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문이 한미조세협약의 문맥에 반한다고 볼 수 없다.

 

그렇다면 국내 미등록 특허권 관련 사용료소득의 국내원천소득 판단은 한미조세협약 제2조 제2항 전문에 규정된 원칙으로 돌아가, 조세가 결정되는 체약국인 우리나라의 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따라야 하고, 여기서 ‘사용’은 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 특허기술을 사용한다는 의미로 보는 것이 타당하다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

 

1) 조약은 전문․부속서를 포함하는 조약문의 문맥 및 조약의 대상과 목적에 비추어 그 조약의 문언에 부여되는 통상적인 의미에 따라 성실하게 해석되어야 한다. 여기서 문맥은 조약문 외에 조약의 체결과 관련하여 당사국 사이에 이루어진 그 조약에 관한 합의 등을 포함하며, 조약 문언의 의미가 모호하거나 애매한 경우 등에는 조약의 교섭 기록 및 체결 시의 사정 등을 보충적으로 고려하여 그 의미를 밝혀야 한다(대법원 2018. 10. 30. 선고 2013다61381 전원합의체 판결 참조). 그런데 한미조세협약의 조항 문언이나 조약 관련 합의, 교섭 기록 및 체결 시의 사정, 나아가 조세조약에서의 ‘문맥’의 개념이나 범위에 관한 다양한 시각들까지 종합적으로 고려하여 한미조세협약의 문맥을 살펴보더라도, 국내 미등록 특허권의 국내 사용이나 그 사용대가 지급은 관념할 수 없다고 해석할 근거를 찾기 어렵다. 대법원 역시 그동안 한미조세협약에는 규정되어 있지 않은 특허권 속지주의만 반복하여 언급하였을 뿐 그 판단을 뒷받침하는 한미조세협약의 ‘문맥’이 구체적으로 무엇인지를 밝히지 않았다. 결국 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따른 해석을 배제하는 ‘문맥’의 실체가 명확하게 확인되었다고 보기 어렵다. 오히려 아래에서 보듯이 국내 미등록 특허권의 국내 사용은 충분히 관념할 수 있다고 보아야 한다.

 

2) 한미조세협약 제14조 제4항 제a호의 ‘사용’은 단지 ‘특허’에만 개별적으로 분리되어 조응하는 것이 아니라 이 조항에 제시된 무형자산 일체에 총체적ㆍ포괄적으로 조응하는 개념이다. 이 조항은 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정, 비밀공식, 상표 및 이와 유사한 재산․권리, 지식, 경험, 기능 등 다양한 무형자산을 열거하고 있다. 이 중에는 특허, 의장, 신안 등처럼 등록을 권리의 발생요건으로 하는 무형자산도 있지만, 저작권, 비밀공정, 지식, 기능 등처럼 그렇지 않은 무형자산도 있다. 이러한 무형자산 일체에 공통적으로 적용될 수 있는 의미의 ‘사용’은 등록을 통하여 독점적 효력을 가지게 된 권리 자체의 ‘사용’이 아니라 무형자산의 내용을 이루는 기술이나 정보 등의 ‘사용’이다. 이와 같이 ‘사용’을 모든 무형자산에 통일적으로 적용되도록 해석하는 것이 ‘사용’이라는 문언의 통상적인 의미나 조항의 체계에 부합하고, 등록과 구별되는 사용의 본질을 제대로 포착하는 길이기도 하다. 이러한 기술이나 정보 등의 사용에는 국경이 없으므로 등록 국가와 관계없이 어디서든 이루어질 수 있다. 한미조세협약 제14조 제4항 제a호의 특허 ‘사용’도 마찬가지 의미로 해석하는 것이 자연스럽다.

 

3) 대법원도 한미조세협약의 일부 무형자산에 대해서는 같은 시각을 내비쳐 왔다. 대법원은 외국 소프트웨어의 국내 도입에 대해 지급한 돈을 통상 노하우라고 일컫는 발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에 관한 비공개 기술정보를 사용하는 대가로 보아 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호의 국내원천소득으로 인정하였다(대법원 2000. 1. 21. 선고 97누11065 판결 참조). 또한 대법원은 ‘저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산이나 권리, 지식, 경험, 기능 등’의 사용 또는 사용할 권리에 대한 사용료가 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다면서, 내국법인이 발명, 기술 등에 관한 비공개 정보를 국내에서 사용하고 미국법인에 그 대가를 지급하였다면 그와 관련한 미국법인의 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다고 판단하였다(대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결 참조). 이처럼 대법원은 등록을 권리의 발생요건으로 하지 않는 무형자산에 관하여는 그 무형자산의 내용을 이루는 기술정보가 국내에서 사실상 사용되었는지를 국내원천소득 판단기준으로 삼아 왔다. 그런데 대법원은 국내 미등록 특허권의 ‘사용’에 대해서만은 ‘사실상 사용’이 아니라 ‘특허권의 독점적 효력이 미치는 범위 내에서의 실시’라는 관점에서 국내 사용 여부를 다르게 판단하여 왔다. 이처럼 대법원이 유독 특허 사용의 의미를 달리 파악하는 근거는 특허권 속지주의이다. 하지만 다음에 살펴보듯이 특허권 속지주의는 특허 사용의 의미를 이처럼 이해하는 정당한 근거가 될 수 없다.

 

4) 특허권 속지주의는 특허권 효력 발생지 또는 침해지와 관련된 원칙일 뿐 특허기술의 사용지와 직접적으로 관련된 원칙이 아니다. 즉 특허권 자체는 등록된 국가 내에서만 효력을 가지고 그 효력 범위 내에서 침해될 수 있을 뿐이지만, 그 특허기술은 특허등록 여부나 등록 국가와 무관하게 어디서든 사용될 수 있다. 특허권 속지주의는 그러한 특허기술의 국내 사용이 국내에서 국외 특허권자에 대한 특허침해행위가 되지 않는다는 것을 의미할 뿐, 그로부터 사용의 대상인 특허기술에 재산적 가치가 없어 그 사용대가를 지급하는 것을 상정할 수 없다는 논리가 도출되지는 않는다. 또한 계약자유의 원칙에 따라 국내 미등록 특허권의 특허기술을 국내에서 사용하고 국외 특허권자에게 그 사용대가를 지급하는 계약을 체결하는 것도 얼마든지 가능하다. 국외 특허권자로부터 직접 그 특허기술을 제공받아 사용하는 것이 관련 연구개발 비용의 절감, 국내외 시장에서의 사업상 기회 창출, 기술지원 등 측면에서 경제적으로 유리하거나, 그 특허기술의 국내 사용에 수반될 수도 있는 잠재적인 법적 위험을 미리 방지하기 위한 경우 등과 같이, 국내 사용자는 국외 특허권자를 상대방으로 하여 이러한 계약을 체결할 다양한 경제적․법률적 동기를 가진다. 위와 같은 계약은 특허권 속지주의와 양립할 수 있고 특별한 사정이 없는 한 강행규정에 반하지도 않는다. 그러므로 특허권 속지주의에 기초하여 국내 미등록 특허권의 국내 사용이나 그 사용대가 지급을 관념할 수 없다는 관점은 타당하지 않고, 이러한 관점에 기초한 종전 판례도 더 이상 유지될 수 없다.

 

이와 달리 특허권 속지주의에 기초하여 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항의 특허의 ‘사용’의 의미를 ‘특허권의 효력이 미치는 국가 내에서의 실시’로 해석하면서 국내 미등록 특허권의 국내 사용을 관념할 수 없다고 본 대법원 1992. 5. 12. 선고 91누6887 판결, 대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결, 대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두9670 판결, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결, 대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결, 대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946 판결, 대법원 2022. 2. 24. 선고 2019두47100 판결 등은 이 판결의 견해와 배치되는 범위 내에서 모두 변경하기로 한다.

 

정회목 변호사