[회사법무 조세분쟁] 법인지방소득세 도입 전에 연구비 등을 지출한 납세자에게 적용될 법령이 문제된 사건

대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두41696   법인지방소득세경정거부처분취소

 

1. 판결의 요지

 

2014. 1. 1. 지방세법 개정(지방소득세의 독립세화) 전에 연구비 등을 지출한 원고가 일반적 경과규정인 개정 법 부칙 제15조(‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’)를 근거로 유리한 개정 전 지방세법의 적용을 주장한 사안입니다.

 

원심은, 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항은 지방소득세 법인세분의 산출방법만 규정하였을 뿐 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 규정한 것이 아니고, 이 사건 연구비 등의 법인세 이월공제에 관한 구 조특법 제144조 제1항 등은 구 지방세법이 아닌 다른 법률에 규정되어 있다는 등의 이유로, 위 구 지방세법 및 구 조특법 규정들은 지방소득세 법인세분에 관하여 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다고 보아, 원고의 2014~2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다고 판단하였습니다.

 

 

대법원도 아래와 같이 판시하면서 원고의 청구를 기각한 원심판결을 수긍하여 상고를 기각하였습니다.

 

2. 적용법리

 

이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다는 부칙 조항에 의해 개정 전 규정에 의한 조세감면 등에 관한 납세의무자의 기대가 기득권으로서 보호되는지 여부(원칙적 소극)

 

지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서(이하 ‘이 사건 개정’이라 하고, 이 개정 전 지방세법을 ‘구 지방세법’이라 한다), 내국법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래 ‘법인세액’을 과세표준으로 하고 ‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식(지방소득세 법인세분)에서 ‘법인세의 과세표준’을 과세표준으로 하고 ‘법인세율의 10%’를 세율로 적용하는 독립세 방식(법인지방소득세)으로 변경되었다. 이 사건 개정으로 개정된 지방세법 부칙 제1조 본문은 ‘이 법은 2014. 1. 1.부터 시행한다’고 규정하고, 부칙 제2조 단서는 ‘법인지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’고 규정하는 한편, 부칙 제15조는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하였다(이하 ‘이 사건 경과규정’이라 한다).

 

‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다‘고 규정한 개정 세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰 보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등 참조).

 

정회목 변호사