[조세분쟁 주식매수선택권] 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제16조의4 제1항을 적용받기 위해 같은 법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제14조의4 제2항, 제3항에서 정한 절차가 법정기한 내에 이행되어야 하는지가 문제된 사건

대법원 2026. 3. 12. 선고 2025두35079   경정거부처분취소의 소

 

1. 판결의 요지

 

벤처기업인 이 사건 회사의 임직원인 원고들은 주식매수선택권을 받아 보유하다가 재직 중 이 사건 주식매수선택권을 행사하여 그 행사이익을 근로소득에 포함하여 종합소득세를 신고･납부하였다가 이후 원고들이 이 사건 주식매수선택권의 행사에 따른 행사이익이 구 조세특례제한법 제16조의4 제1항에서 정한 과세이연 특례대상이라고 주장하며 경정청구하자, 피고들은 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제2항, 제3항에서 정한 절차가 법정기한 내에 이행되지 않았음을 이유로 원고들의 경정청구를 모두 거부하였고, 원고들이 그 거부처분의 취소를 청구한 사안입니다.

 

원심은, 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제2항, 제3항에서 정한 절차가 법정기한 내에 이행되지 않았으므로 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였습니다.

 

대법원은, 아래와 같은 법리를 설시하면서, 원고들의 청구를 기각한 원심판결을 수긍하여 상고를 기각하였습니다.

 

2. 적용법리

 

구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제16조의4 제1항을 적용받기 위해 구 조세특례제한법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제14조의4 제2항, 제3항에서 정한 절차가 법정기한 내에 이행되어야 하는지 여부(적극)

 

  구 조세특례제한법 제16조의4 제1항은, 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 ‘벤처기업 임직원’이라 한다)가 2021년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 그 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 ‘적격주식매수선택권’이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임직원이 같은 조 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 소득세법 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다고 규정하고, 제2항은 적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도하여 발생하는 양도소득에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식 등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있다.

 

  위와 같은 특례 신청, 운영절차 및 그 밖에 필요한 사항을 위임한 구 조세특례제한법 제16조의4 제8항에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4는, 구 조세특례제한법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조 제1항에 따른 금융투자업자를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌(이하 ‘주식매수선택권 전용계좌’라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 ‘특례적용신청서’라 한다)에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 하고(제2항), 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사 주식지급명세서(이하 ‘주식매수선택권 행사주식지급명세서’라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 ‘특례적용대상명세서’라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(제3항).

 

  주식매수선택권은 그 행사 여부가 전적으로 이를 부여받은 임직원의 선택에 맡겨져 있어 단순히 주식매수선택권의 부여 자체만으로는 어떠한 소득이 발생되었다고 볼 수 없고 주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득할 때에 비로소 해당 주식의 시가와 주식매수선택권 행사가액의 차액에 상당하는 경제적 이익이 확정 내지 현실화된다. 위 규정들은 이러한 특성을 고려하여 납세자가 적격주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득하는 단계에서 주식매수선택권 행사이익에 대해 근로소득 또는 기타소득으로서 종합소득세를 납부할 것인지, 아니면 주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도하는 단계에서 양도가액에서 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 공제한 차액만큼 양도소득세를 납부할 것인지를 소정의 방식 및 절차에 따라 선택할 수 있게 하고, 그 선택 여하에 따라 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세 시점을 해당 납세자가 취득된 주식을 처분함으로써 현금화된 이익을 얻는 시점으로 이연할 수 있도록 과세특례를 정한 것이다. 이는 만일 주식매수선택권을 행사하는 단계에서 일률적으로 과세할 경우, 납세자 입장에서 현금유동성의 부족 등으로 소득세 납부를 위한 자금 부담이 상당하게 될 수 있을 뿐 아니라, 주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 가액이 나중에 행사가액보다 하락할 경우 손실이 발생할 수 있어 미실현이익에 과세한다는 논란을 불식시키고 벤처기업의 우수한 전문인력 유치를 활성화하기 위한 취지에 따른 것이다.

 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계 및 취지 등을 종합하면, 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제2항 및 제3항(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)이 정한 방식 및 절차를 이행하는 것은, 구 조세특례제한법 제16조의4 제1항 및 제2항(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)에 따라 적격주식매수선택권에 대하여 주식매수선택권 행사시 소득세가 과세되지 않기 위한 필수적 요건에 해당한다고 봄이 타당하다.

정회목 변호사