[조세분쟁 법인설립] 현물출자 과정에서 사외유출된 것인지 여부가 쟁점이 된 사건

대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두37008   종합소득세부과처분취소

 

1. 판결의 요지

 

원고가 농업회사법인인 이 사건 회사를 설립하면서 부동산을 현물출자하였는데, 피고가 이를 고가의 현물출자로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 익금산입하고, 원고에 대한 상여로 소득처분하여 원고에게 종합소득세를 부과하자, 원고가 위 종합소득세부과처분의 취소를 청구한 사안입니다.

 

원심은, ➊ 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 회사로부터 현물출자의 대가로 받은 지분의 실제 가치는 물론이고 그 액면 합계액이 이 사건 회사의 객관적 가치를 적정하게 반영한 정상적인 거래실례에서의 거래가격과 일치한다는 점을 인정할 수 없고, ➋ 내국법인이 신설법인에 대한 현물출자로 취득한 주식 등의 취득가액을 주식 등의 액면가가 아니라 현물출자한 순자산의 시가로 평가하도록 한 법인세법령의 규정(법인세법 제41조, 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호 가목)은, 이 사건에서처럼 법인이 아닌 개인이 현물출자를 하고 주식 등을 취득하는 경우 그 취득가액을 평가함에 있어서도 고려될 필요가 있으며, ➌ 비상장주식의 가액 평가방법에 관하여 법인세법이나 소득세법에서 별도의 규정을 두지 아니한 이상, 비상장주식 평가방법에 관한 상속세 및 증여세법 및 그 시행령 규정(상속세 및 증여세법 제63조 제1항, 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항)의 내용 역시 이 사건에서 충분히 참고할 만하다는 이유로 위 현물출자 과정에서 이 사건 회사로부터 원고가 현물출자한 부동산의 평가액과 시가의 차액 상당의 자산이 사외유출된 것으로 볼 수 없다고 판단하였습니다.

 

대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각하였습니다.

 

2. 적용법리

 

가. 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에 따른 부당행위계산 부인의 취지

 

법인세법 제52조 제1항은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.”라고 하면서, 제4항에서 “제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 이에 따른 법인세법 시행령 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형으로 제1호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)에서 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우’를 들고 있으며, 제89조 제5항 본문은 “제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.”라고 규정한다. 나아가 법인세법 제41조 제1항 및 제2항에 따라 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액과 관련하여, 법인세법 시행령 제72조 제2항 제3호 나목은 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 해당 자산의 시가를 취득가액으로 하도록 규정하고, 같은 조 제4항 제3호는 위 제2항을 적용할 때의 취득가액에는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호의 규정에 의한 시가초과액을 포함하지 아니하는 것으로 규정한다.

 

나. 피출자법인의 익금산입액이 현물출자 과정에서 사외로 유출되어 출자자에게 귀속되었는지를 판단하는 기준

 

한편 법인세법 제67조는 법인세 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분하도록 규정하고 있다. 이에 따른 법인세법 시행령 제106조 제1항은 “법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다.”라고 하면서, ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우’에는 그 귀속자에 따라 ‘배당, 상여, 기타소득, 기타 사외유출’로 소득처분하고(제1호), ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우’에는 ‘사내유보’로 소득처분하도록 규정한다(제2호).

 

  현물출자는 회사의 설립이나 신주 발행 시에 발기인 또는 신주인수인(이하 ‘출자자’라 한다)이 회사(이하 ‘피출자법인’이라 한다)에 금전 이외의 재산을 출자하는 것으로서, 출자자가 피출자법인에 재산을 이전하는 거래와 그에 대한 대가로 피출자법인으로부터 주식 또는 지분(이하 ‘주식 등’이라 한다)을 배정받아 피출자법인의 주주 또는 사원이 되는 거래가 결합하여 일체로 이루어진다. 따라서 현물출자는 기본적으로 ‘법인의 자본을 증가시키는 거래’의 성격을 가지는 것이지만, 그 자본의 출자가 출자자의 재산이라는 현물에 의하여 이루어지므로 그러한 한도에서 ‘자산을 유상으로 양도하는 손익거래’의 성격도 함께 가진다. 그 결과, 피출자법인이 출자자의 재산을 시가보다 높은 가액으로 양수한 경우에는 재산이 과다계상되어 피출자법인의 조세부담을 부당하게 감소시킬 수 있으므로, 이를 시정하고자 이 사건 법률조항에 따른 부당행위계산 부인에 의하여 그 시가초과액을 자산의 취득가액에서 제외하는 한편 피출자법인의 익금에 산입하는 것이다.

 

  다만 그와 같은 피출자법인의 익금산입액이 현물출자 과정에서 사외로 유출되어 출자자에게 귀속되었는지를 판단할 때는, 자본거래와 손익거래가 대가관계를 가지면서 병존하는 현물출자의 특성을 고려하여, 출자한 재산이 시가보다 높은 가액으로 평가되었는지 여부만으로 결정할 것이 아니라 출자한 재산의 시가와 피출자법인으로부터 인수한 주식 등 시가의 차액, 즉 교환차익이 존재하는지도 함께 살펴보아야 한다. 출자자가 출자한 재산의 가액이 시가보다 높게 평가되었더라도 그에 대한 대가로 피출자법인이 발행하여 출자자에게 배정한 주식 등의 발행가액 역시 현물출자 재산의 고평가된 가치만큼 높게 평가된 경우라면 이는 단지 장부상으로 자산과 자본금이 함께 과다계상되어 있는 상태에 불과하다. 이러한 경우에는, 앞서 본 교환차익의 존재 등 부당행위계산 부인으로 인한 피출자법인의 익금산입액이 종국적으로 사외로 유출되었다는 사정이 과세관청에 의해 추가로 증명되지 않는 한, 시가초과액에 해당하는 피출자법인의 자산이 실제로 사외유출된 것으로 볼 수 없다.

 

정회목 변호사