[조세분쟁 양도소득세] 중소기업 간 통합으로 소멸되는 중소기업의 사업용고정자산 양도에 대해 이월과세 적용을 구하는 사건

대법원 2026. 6. 24. 선고 2025두35727   양도소득세부과처분취소

 

1. 판결의 요지

 

부동산 임대업을 영위하는 원고가 A 주식회사에 이 사건 각 부동산 등을 현물출자하는 중소기업통합계약을 체결한 후, 양도소득을 신고하면서 조세특례제한법 제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세)에 따른 양도소득세 이월과세 적용을 신청하였으나, 피고가 이 사건 각 부동산에 설정된 근저당권의 피담보채무는 원고가 영위하는 부동산 임대업과 관계없는 채무이기 때문에 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액에서 공제할 수 없어 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호, 즉 이 사건 이월 조항에서 정한 요건을 구비하지 못하였다는 이유로 양도소득세 이월과세의 적용을 배제하고 양도소득세 부과처분을 하자, 원고가 그 부과처분의 취소를 구한 사안입니다.

 

원심은, 이 사건 이월 조항의 순자산가액 산정 시 공제되는 부채는 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 것으로 한정된다고 보아 이 사건 각 부동산에 설정된 근저당권의 피담보채무는 원고의 부동산 임대업과 직접 관련하여 발생한 부채로 볼 수 없다고 판단하였습니다.

 

대법원은 아래와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각하였습니다.

 

2. 적용법리

 

구 조세특례제한법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제28조 제1항 제2호(이하 ‘이 사건 이월 조항’)에서의 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액’을 산정하는 과정에서 공제 항목으로 되어 있는 ‘충당금을 포함한 부채의 합계액’에 포함되기 위해서는, 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련되어야 하는지 여부(적극)

 

  구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 전문에서 이월과세의 요건으로 ‘기업의 사업장별로 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지될 것’을 별도로 명시하면서, 같은 조 제2항에서 조세특례제한법 제31조 제1항의 ’대통령령으로 정하는 사업용고정자산‘을 ’당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산‘으로 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 이월 조항에서의 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액’을 산정하는 과정에서 공제 항목으로 되어 있는 ‘충당금을 포함한 부채의 합계액’에 포함되기 위해서는, 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련되어야 한다는 요건이 충족되어야 한다는 해석을 체계조화적으로 도출할 수 있다.

 

  이와 달리 이 사건 이월 조항에서의 ‘충당금을 포함한 부채의 합계액’에 포함되기 위하여 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련될 것을 요하지 않는다고 보게 되면, 이 사건 이월 조항에서의 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액’을 장부가액이 아닌 시가로 평가하는 것 자체가 무의미해질 수 있다. 개인이 중소기업 간의 통합을 위하여 사업용 고정자산을 양도하기 전까지 임의로 부채를 발생시키는 등의 방법으로, 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액을 좌우할 수 있는데, 특히 이러한 부채가 통모에 기한 허위의 것일 경우 통합의 대가로 교부되는 주식의 가액이 과소하게 책정되어 해당 주식의 진정한 시가와의 차액에 상당하는 현금이 당사자 간의 이면합의에 따라 대외적으로 드러나지 아니한 채 수수될 가능성을 배제할 수 없기에 그러하다. 나아가 위와 같은 부채가 허위가 아니라 하더라도 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 것이 아니라면, 부채가 발생하기 전의 시점을 기준으로 존재하였던 해당 사업장의 순자산가액 중 일부가 그 후로 부채를 임의로 발생시켜 이를 승계시키는 수법을 동원함으로써 중소기업 간의 통합과는 무관하게, 소멸하는 사업장의 중소기업자인 개인에게 경제적으로 이전되는 효과가 나타날 수 있다. 이는 실질적으로 양도된 사업용고정자산의 대가 중 일부를 당사자가 따로 현금으로 주고받은 것과 동일한 유상양도의 속성을 지닌 것으로 볼 수 있으므로, 이러한 경우에 대해서까지 양도소득세 이월과세의 혜택을 일률적으로 부여하는 것은, 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항이 정한 ‘사업의 동일성’, 즉 통합으로 인해 소멸하는 사업장의 순자산가액이 통합법인에 그대로 승계되어야 한다는 요건을 충족하지 못하므로 허용될 수 없고, 조세특례제한법 제31조 제1항이 정한 중소기업 간 통합에 대한 양도소득세 이월과세의 취지에 부합하지도 않는다.

 

정회목 변호사