[조세분쟁 특례제척기간] 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호의 특례제척기간에 따른 재처분에 해당하지 않는다고 본 판결

대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결

1. 판결의 요지

과세관청이 △△△법인의 100% 주주인 원고가 ○○○에게 △△△법인의 주식을 양도한 거래를 법인인 △△△과 ○○○ 사이의 부동산양도거래로 거래를 재구성하여 법인세 등을 부과하였다가 그 소송에서 패소하자 특례제척기간을 적용하여 다시 원고에게 양도소득세 등을 부과한 사안에서, 선행 확정판결의 대상인 종전 부과처분은 법인인 △△△과 ○○○ 사이의 부동산양도거래에 따른 △△△의 토지 등 양도소득을 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘법인세’인 반면, 이 사건 처분은 개인인 원고와 ○○○ 사이의 주식양도거래에 따른 원고의 주식양도소득과 양도 자체를 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘양도소득세’와 ‘증권거래세’이므로 이 사건 처분을 선행 확정판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분이라고 보기 어렵고, 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다는 이유로, 원고의 청구를 인용한 원심의 판단을 수긍한 판결입니다.

2. 적용법리

선행 확정판결의 대상인 종전 부과처분과 과세대상과 세목을 달리하여 새로운 부과처분을 한 경우 새로운 부과처분에 대하여 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 따른 특례제척기간이 적용되는지 여부(소극)

구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2는 제1항에서 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 5년으로 정하면서, 제2항에서 “국세에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 결정·판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

부과제척기간에 관한 특별규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항에 규정된 특례제척기간은, 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 등 참조).

3. 사실관계

가. 원고의 지위 및 주식 양도에 따른 양도소득세 등 신고․납부 경위

1) 보성무역 주식회사(이하 ‘보성무역’이라 한다)의 대표이사이자 보성무역의 주식 25,188주(지분율 100%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 보유하고 있던 원고는 2006. 6. 7. 소외인에게 이 사건 주식을 105억 원에 양도하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 주식양도계약’이라 한다)을 체결하고, 같은 날 계약금 15억 원을, 2006. 8. 1. 잔금 90억 원을 각 지급받은 다음 소외인에게 이 사건 주식을 모두 이전하였다.

2) 원고는 이 사건 주식양도에 따른 증권거래세 52,500,000원과 양도소득세 2,216,096,110원을 신고․납부하였다.

나. 거래재구성에 따른 과세관청의 과세처분과 이에 관한 종전 소송의 경과

1) 삼성세무서장은 보성무역의 유일한 자산인 서울 중구 (주소 생략) 외 3필지 토지 164.6㎡와 그 지상 3층 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)이 이 사건 주식의 잔금지급일인 2006. 8. 1. 보성무역으로부터 소외인에게 이전되었다는 사정 등에 기초하여 ‘이 사건 주식양도계약은 가장행위에 불과하고, 보성무역이 소외인에게 이 사건 부동산을 105억 원에 양도한 것’으로 보고, 위 양도가액 105억 원을 보성무역의 2006사업연도 익금에 산입하여 2010. 9. 1. 보성무역에 2006 사업연도 법인세 4,005,854,370원(이하 ‘종전 법인세’라 한다)을 결정․고지하였다.

2) 삼성세무서장은 위 105억 원을 보성무역의 대표이사였던 원고에 대한 2006년 귀속 상여로 소득처분하여 그에 따라 2010. 9. 7. 보성무역에 소득금액변동통지(법인용)를 하고, 2010. 11. 16. 원고에게 소득금액변동통지(소득자통지용)를 하였다.

3) 원고는 2010. 11. 10. 피고에게 위 소득금액변동통지에 따른 종합소득세 3,493,831,630원을 수정신고하면서 기납부한 양도소득세 2,216,096,110원과 증권거래세 52,500,000원을 제외한 나머지 1,225,235,520원을 납부하였다.

4) 한편, 삼성세무서장은 보성무역이 종전 법인세를 납부하지 아니하자 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호에 따라 원고를 보성무역이 체납한 종전 법인세에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 2010. 11. 9. 원고에게 종전 법인세 4,005,854,370원을 납부하라는 통지를 하였다(이하 위 납부통지를 ‘종전 부과처분’이라 한다).

5) 원고는 2011. 9. 9. 삼성세무서장을 상대로 서울행정법원 2011구합30120호로 종전 부과처분의 취소 등을 구하는 소송을 제기하였는데, 위 법원은 2012. 6. 29. ‘이 사건 주식양도계약이 가장행위 혹은 조세회피행위에 해당한다고 볼 수 없으므로 보성무역이 2006. 7. 10. 소외인에게 이 사건 부동산을 105억 원에 매도한 것으로 볼 수 없다’는 이유로 종전 부과처분을 취소하는 내용의 판결을 선고하였고, 위 판결은 2015. 3. 26. 대법원의 상고기각으로 확정되었다(이하 ‘선행 확정판결’이라 한다).

다. 과세관청의 환급결정 및 원고에 대한 이 사건 부과처분 경위

1) 삼성세무서장은 2015. 4. 15. 원고에게 선행 확정판결에 따라 원고에 대한 소득금액변동통지 및 제2차 납세의무자 지정을 각 취소하였고, 피고는 2015. 6. 9. 원고에게 종합소득세 3,493,831,630원을 환급하는 결정을 하였다.

2) 피고는 원고에게 이 사건 주식양도와 관련하여, 2015. 5. 6. 양도소득세 2,216,096,110원을, 2015. 7. 3. 증권거래세 52,500,000원을 각 결정․고지하였다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

4. 법원의 판단

앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 선행 확정판결의 대상인 종전 부과처분은 법인인 보성무역과 소외인 사이의 부동산양도거래에 따른 보성무역의 토지 등 양도소득을 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘법인세’인 반면, 이 사건 처분은 개인인 원고와 소외인 사이의 주식양도거래에 따른 원고의 주식양도소득과 양도 자체를 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘양도소득세’와 ‘증권거래세’이므로, 이 사건 처분을 선행확정판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 처분은 종전 부과처분과는 다른 새로운 결정이라고 할 것이므로, 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.

같은 취지에서 원심이 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 판단한 것은 앞서 본 규정과 법리에 따른 것으로 정당하다. 거기에 공평과세의 원칙 및 특례제척기간의 적용범위, 조세법률주의 및 엄격해석의 원칙에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.

정회목 변호사