[조세분쟁 이월결손] 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금과 관련하여 공제기준인 ‘각 사업연도 소득’의 범위가 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’에 한정되는지 여부가 문제된 사건

대법원 2026. 4. 16. 선고 2025두35623   법인세경정거부처분취소

 

1. 판결의 요지

 

원고는, 피합병법인을 흡수합병하면서, 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에 대하여 구 법인세법 제13조 단서에서 정한 공제한도 비율을 적용해 계산된 한도 내에서 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 공제하는 내용으로 법인세 신고를 하였다가, 원고 전체의 소득금액에 대하여 구 법인세법 제13조 단서에서 정한 공제한도 비율을 적용해 이월결손금 공제한도를 계산하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였는데, 피고가 그에 대한 거부처분을 하자, 원고가 그 거부처분의 취소를 청구한 사안입니다.

 

원심은, 적격합병의 요건을 충족하는 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금 공제한도를 계산함에 있어서 구 법인세법 제13조 단서 중 ‘각 사업연도의 소득’은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득’으로 한정하여 해석해야 한다고 판단하였고, 대법원은 아래와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각하였습니다.

 

2. 적용법리

 

합병법인이 승계한 피합병법인 이월결손금의 공제한도를 계산함에 있어서 구 법인세법 제13조 단서에서 정한 ‘각 사업연도의 소득’의 의미

 

  구 법인세법 제13조 본문 및 제1호 전문은, 내국법인의 법인세 과세표준을 계산할 때 각 사업연도의 소득의 범위에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로서 공제하도록 규정하면서, 같은 조 단서(이하 ‘이 사건 단서 조항’이라 한다)에서 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 위 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다고 규정하고 있다.

 

  한편 구 법인세법 제44조의3 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 과세상 기업으로서의 계속성을 인정한다는 취지에서, ① 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금, ② 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, ③ 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 합병법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제45조는, 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위에서는 공제하지 아니한다고 규정하는 한편(제1항), 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다고 규정하고 있다(제2항). 구 법인세법 제45조 제5항은 위 제2항의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다.

 

  구 법인세법 제45조 제5항의 위임에 근거하여 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제2항은, 구 법인세법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액)으로 한다고 정하고 있다. 한편 구 법인세법 제113조 제3항 본문은, 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하면서, 제1호에서 ‘합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간’으로 정하고 있다.

 

  이 사건 단서 조항 및 앞서 본 관련 규정의 문언과 체계, 취지 등을 종합적으로 고려하면, 적격합병의 요건을 충족하는 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’에 대하여 이 사건 단서 조항이 정한 공제한도 비율을 곱한 한도 내에서 공제할 수 있는 것이지, 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 ‘합병법인 전체의 소득금액’에 이 사건 단서 조항의 공제한도 비율을 곱한 액수가 공제한도가 된다고 볼 수 없다.

 

정회목 변호사