[조세분쟁 과세전적부심사] 과세전적부심사 계속 중 부과제척기간이 임박한 경우 과세전적부심사결정 전에 한 과세처분의 효력이 문제된 사건

대법원 2020. 4. 9. 선고 2018두57490 판결

1. 판결의 요지

(1) 과세전적부심사결정에 따라 2005년 법인세 부과처분 중 일부가 직권취소되었음에도 이 부분에 대하여 무효확인을 구하는 원고의 청구를 인용한 원심판결을 파기하고, (2) 2006년 법인세 본세 부과처분 중 증액경정처분에 의해 증액된 세액의 한도를 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는 원고의 청구를 기각한 원심판결을 직권으로 파기하고 원고의 청구를 각하하며, 2006년 법인세 가산세 부과처분 중 증액경정처분에 의해 증액된 세액의 한도를 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는 원고의 청구를 각하한 원심판결을 인용하고, (3) 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 단서에서 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정한 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호에서 말하는 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’인지의 판단 기준일은 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’일 뿐 ‘과세처분일’이라고 볼 수 없다는 이유로 과세전적부심사 계속 중 부과제척기간이 임박한 경우 과세전적부심사결정 전에 한 과세처분은 당연무효라고 판단한 원심판결을 인용하며, (4) 본안판단의 대상이 되는 2006 사업연도 법인세 본세 및 가산세 부과처분 중 일부 세액은 2006 사업연도에 귀속되지 않는 지체상금 관련 익금 등에 대한 것이라고 볼 여지가 있다는 이유로 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등의 귀속시기가 모두 2006 사업연도임을 전제로 한 원심판결을 파기환송한 대법원 판결입니다.

2. 적용법리

가. 과세처분 중 일부 직권 취소된 부분에 대하여 무효확인이나 취소를 구하는 소가 적법한지 여부(소극)

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더는 존재하지 않는 것이고, 직권으로 취소된 처분에 관하여 무효확인이나 취소를 구하는 소는 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 하거나 과거의 법률관계의 효력을 다투는 것에 불과하므로 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결, 대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조).

나. 증액경정처분이 있는 경우 증액된 세액 이외에 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여 취소를 구할 수 있는지 여부(소극)

증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).

그런데 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 위 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다 할 것이다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 참조).

다. 과세전적부심사 계속 중 부과제척기간이 임박한 경우 과세전적부심사 결정 전에 한 과세처분이 당연무효인지 여부(원칙적 적극)

사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조) 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 및 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).

라. 과세소득의 존재 및 그 귀속사업연도에 관한 증명책임의 소재(=과세관청)

과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로 어느 사업연도의 소득에 대한 과세처분의 적법성이 다투어지는 경우 과세관청으로서는 과세소득이 있다는 사실 및 그 소득이 그 사업연도에 귀속된다는 사실을 증명하여야 하며, 그 소득이 어느 사업연도에 속한 것인지 확정하기 곤란하다 하여 과세대상 소득의 확정시기와 관계없이 과세관청이 그 과세소득을 조사·확인한 대상 사업연도에 소득이 귀속되었다고 할 수는 없다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두1826 판결, 대법원 2007. 6. 28. 선고 2005두11234 판결 등 참조).

3. 사실관계

가. 원고는 1968. 3. 25. 제선, 제강 및 압연재의 생산과 판매업을 목적으로 설립된 회사이다.

나. 대구지방국세청장은 원고에 대한 2005 내지 2009 각 사업연도 귀속분 법인세 등에 대한 정기세무조사를 실시한 후, 2010. 11. 30. 원고에 대하여 위 각 사업연도 귀속분 법인세 과세예고통지를 하였다.

다. 이에 원고는 2010. 12. 29. 국세청장에게 과세전적부심사(이하 ‘이 사건 과세전적부심사’라 한다)를 청구하였다. 피고는 이 사건 과세전적부심사에 대한 심리가 계속중이던 2011. 3. 22. 위 각 법인세 중 2005 사업연도 귀속분의 부과제척기간이 임박하였다는 이유로 원고에 대하여 2005 사업연도 귀속분 법인세 20,820,170,520원(가산세 포함)을 부과․고지하였다(위 과세처분을 이하 ‘2005년 법인세 부과처분’이라 한다).

라. 이후 국세청장은 2012. 2. 6. 이 사건 과세전적부심사에 대하여 일부 항목을 채택하고 나머지 항목은 불채택하는 결정을 하였다. 피고는 위 결정의 취지에 따라 이미 부과된 2005년 법인세 중 5,884,163,742원을 직권으로 취소하여 원고에게 환급하는 한편, 2012. 3. 2. 원고에 대하여 2006 사업연도 귀속분 법인세(가산세 포함) 부과처분(이하 ‘2006년 법인세 부과처분’이라 하고, 위 2005년 법인세 부과처분과 통틀어 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다) 등을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2012. 5. 11. 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2014. 10. 8. 심판청구 중 2005년 법인세 부과처분 부분은 청구기간을 도과한 부적법한 청구에 해당한다는 이유로 각하하고, 나머지 부분은

모두 기각하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 이 사건 소를 제기하였다. 제1심법원은 2005년 법인세 부과처분과 관련하여, 그 무효확인을 구하는 원고의 주위적 청구를 기각하고, 그중 8,886,846,641원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 원고의 예비적 청구를 적법한 전심절차를 거치지 않았다는 이유로 각하하였으며, 납세고지서에 구체적인 가산세의 내역과 산출근거를 적시하지 아니하는 하자가 있다는 이유로 2006년 법인세 부과처분 중 가산세 592,930,306원 부분 등을 취소하였다. 이에 피고는 2017. 1. 11. 위 패소 부분에 대한 기존의 가산세 부과처분을 직권으로 취소하고, 같은 날 그 절차적 하자를 보완하여 원고에 대하여 같은 금액의 가산세를 다시 부과하였다[이하 2006년 법인세 부

과처분 중 기존의 2012. 3. 2.자 가산세 부과처분에서 위와 같이 취소된 부분 592,930,306원을 제외한 나머지 7,559,998,734원(= 8,152,929,040원 - 592,930,306원) 부분을 ‘2012. 3. 2.자 2006년 가산세 부과처분’이라 하고, 2017. 1. 11. 새로 부과된 592,930,306원 부분을 ‘2017. 1. 11.자 2006년 가산세 부과처분’이라 한다].

4. 법원의 판단

가. 일부 직권 취소된 부분에 대하여 무효확인이나 취소를 구하는 소가 적법한지 여부

피고는 이 사건 과세전적부심사결정에 따라 2005년 법인세 부과처분 중 5,884,163,742원을 직권으로 취소하였으므로, 이 사건 소 중 위와 같이 취소된 부분에 대하여 무효확인이나 취소를 구하는 부분은 이미 소멸하고 없는 처분에 관하여 과거의 법률관계의 효력을 다투는 취지의 무효확인이나 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다. 그런데도 원심이 이 부분에 관한 소가 적법함을 전제로 원고의 이 부분 주위적 청구를 인용한 데에는 소의 이익에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.

나. 2006년 법인세 본세 부과처분 가운데 2,163,309,945원 부분의 적법 여부

1) 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가) 원고의 2006 사업연도 법인세 본세와 관련하여, 피고는 원고의 2006 사업연도 법인세 법정신고기한으로부터 3년이 경과한 뒤에 이루어진 2010. 12. 15.자 3차 경정처분에서 당초 수정신고 세액보다 14,120,846,094원을 증액하였고, 2012. 3. 2.자 6차 경정처분(2006년 법인세 부과처분)에서 위 금액보다 268,623,126원을 증액하였다.

나) 그런데 2012. 3. 2.자 2006년 법인세 부과처분 중 본세 부분은 지체상금 과소계상으로 인한 2,431,933,071원의 증액경정처분과 임시투자세액 추가공제로 인한 2,163,309,945원의 감액경정처분이 함께 이루어져, 실제 268,623,126원(= 2,431,933,071원 - 2,163,309,945원)만 증액된 것이다.

다) 한편 원고는 3차 경정처분으로 인한 법인세 증액분에 대하여 경정처분일인 2010. 12. 15.부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구 등 전심절차를 거치지 않았다.

2) 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 원고가 취소를 구하고 있는 2006년 법인세 본세 부과처분 2,431,933,071원 중 2,163,309,945원(= 위 2,431,933,071원 – 2012. 3. 2.자 6차 경정처분의 증액분 268,623,126원) 부분은 위와 같은 임시투자세액 추가공제가 없었을 경우를 가정하여 관념적으로 산출한 세액에 불과한 것으로, 피고가 실제 원고에게 부과한 적이 없는 것이다.

그리고 위 2,163,309,945원 부분은 2012. 3. 2. 당시 이미 불복기간이 경과하여 더 이상 취소를 구할 수 없으므로, 2012. 3. 2.자 2006년 법인세 부과처분에 대하여는 그 부과처분에 의하여 증액된 268,623,126원의 한도 내에서만 그 취소를 구할 수 있다. 따라서 이 사건 소 중 원고가 취소를 구하고 있는 2006년 법인세 본세 부과처분 2,431,933,071원 가운데 268,623,126원을 초과하는 2,163,309,945원 부분은 존재하지 아니하는 처분에 관한 것이거나 이미 불가쟁력이 발생하여 확정된 세액의 취소를 구하는 것으로 부적법하다. 그럼에도 원심은 이와 달리 위 2,163,309,945원 부분에 관하여 본안에 나아가 심리한 다음 원고의 이 부분 청구를 기각하였다. 이러한 원심판단에는 구 국세기본법 제22조의2 제1항에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

다. 과세전적부심사 계속 중 부과제척기간이 임박한 경우 과세전적부심사 결정 전에 한 과세처분이 당연무효인지 여부

원심은 그 판시와 같은 이유로 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 단서에서 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정한 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호에서 말하는 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’인지의 판단 기준일은 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’일 뿐 피고의 주장과 같이 ‘과세처분일’이라고 볼 수 없다고 판단하였다. 그런 다음 원심은 원고가 피고로부터 2005 사업연도 법인세에 관한 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 받은 2010. 11. 30.부터 위 과세처분의 부과제척기간 만료일인 2011. 3. 31.까지의 기간이 3월을 초과함은 역수상 분명하므로, 피고의 주장과 같이 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호에서 정한 예외사유가 있다고 볼 수없고, 달리 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 피고가 이 사건 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기도 전에 원고에 대하여 2005년 법인세 20,820,170,520원(가산세 포함)의 부과처분을 한 것은, 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리에 따라 기록을 살펴보면, 이 사건 소 중 앞서 본 바와 같이 부적법하다고 보아야 할 부분을 제외한 나머지 2005년 법인세 부과처분 부분에 관한 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 피고의 상고이유 주장과 같이 과세전적부심 결정 전 처분유보의무 및 예외사유의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

라. 과세소득의 존재 및 그 귀속사업연도에 관한 증명책임

원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 2006년경 특수관계자인 주식회사 포스코건설(이하 ‘포스코건설’이라 한다) 등 3개의 건설업체 및 비특수관계자인 주식회사 서희건설 등 13개의 건설업체(위 16개의 건설업체를 통틀어 ‘수급인들’이라 한다) 사이에 체결한 각 시설공사도급계약(이하 위 계약들을 ‘이 사건 각 공사도급계약’이라 한다)과 관련하여, 2006. 12. 1. 수급인들과 사이에 이 사건 각 공사의 준공기한을 연장하는 합의를 하였기 때문에 지체상금이 발생하지 않았다는 취지의 원고 주장을 배척하고, 수급인들이 이 사건 각 공사도급계약에서 정한 준공기한(2006. 9. 30. ~ 2007. 12. 30.)을 준수하지 못하였으므로 특별한 사정이 없는 한 원고는 수급인들에 대하여 합계 9,727,000,000원의 지체상금채권을 가지게 되었다고 판단하였다. 그리고 원고의 포스코건설 등 특수관계자들에 대한 채무면제는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것으로서 부당행위계산부인의 대상에 해당하고, 원고의 비특수관계자 수급인들에 대한 지체상금 면제는 채권의 임의포기로서 사업 관련성이 인정되므로 접대비에 해당한다는 이유로, 피고가 위 지체상금 면제액을 원고의 2006 사업연도에 익금산입 및 손금불산입한 것은 적법하다고 판단하였다.

그러나 위 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등에 해당하는 9,727,000,000원의 귀속시기가 모두 2006 사업연도임을 전제로 한 원심의 판단은 앞서 본 법리에 비추어 수긍하기 어렵다. 원심이 인정한 사실관계에 의하더라도 이 사건 각 공사도급계약에서 정한 당초 준공기한은 2006. 9. 30.부터 2007. 12. 30.까지 걸쳐 있었다는 것이므로, 이 사건 각 공사도급계약과 관련하여 2007. 1. 1.부터 발생한 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등의 귀속시기는 2006 사업연도가 아니라 2007 사업연도라 할 것이다. 따라서 본안판단의 대상이 되는 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 본세 268,623,126원 및 2017. 1. 11.자 2006년 가산세 592,930,306원의 부과처분 중 일부 세액은 2006 사업연도에 귀속되지 않는 지체상금 관련 익금 등에 대한 것이라고 볼 여지가 있다. 원심으로서는 원고가 지체상금을 면제해 준 개별 공사별로 당초 약정준공일과 지체상금이 발생한 시점을 따져 본 다음, 위 각 처분의 위법 여부를 판단하였어야 할 것이다.

그럼에도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 위 각 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 본안판단의 대상이 되는 2006 사업연도 법인세(가산세 포함)에 대하여 과세대상소득의 귀속연도에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.

정회목 변호사